スキャンでファイル：フォルダー保存の選択肢がない

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfc6490cn
こちらですね。

本製品は、供給部品の保有期限が過ぎたため、修理対応を終了させていただきます。 なお、修理以外のお問合せについては、このままサポートを継続いたします。（2016/04/01）

となっているので修理が必要な場合は買い替えとなります。

他の方が回答されていますが
https://support.brother.co.jp/j/b/downloadlist.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfc6490cn&os=10068
Win11向けのドライバは簡易的な物しか用意されておらずUSB接続で利用しないとスキャンは出来ないようです。無線LAN接続だと印刷だけしかできないようです。

それと言われているのはプリンタ本体の操作パネルからスキャンする操作をしてPCの保存するって意味でしょうか？

https://support.brother.co.jp/j/b/downloadend.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfc6490cn&os=10013&dlid=dlf013852_000&flang=1001&type3=11
それについては上記のパッケージの詳細に記載のある


プリンタードライバー, スキャナドライバー, ControlCenter3, PCファクス, リモートセットアップ

ControlCenter3ってソフトがそのあたりのPC側の制御を行うことになります。 ControlCenter3はWin11用には用意されていないので現状ではWin10を使うか？プリンタを買い替えるか？って話になるかも。

Windows11でしたら、USB接続でしか、スキャンできません。

https://support.brother.co.jp/j/b/downloadlist.aspx?prod=mfc6490cn&c=jp&lang=ja&os=10068

まず、機器類（プリンター・PC/スマホ・無線LANルーター等）の再起動をして改善するか確認してみてはいかがでしょうか。

ドライバーをアンインストールせずにWindows11アップデートをすることにより、至る所であらゆる影響を受けている模様です。
今回その影響かどうかはわかりかねますが、
ブラザー公式アンインストールツールを使用してアンインストールして確実にアンインストールし、
付属CDを使用するのではなく、ブラザーホームページよりプリンタードライバーを入れ直してみてはいかがでしょうか？
実際にそれで解決された方が多数いらっしゃいます。

・プリンターの操作でネットワーク初期化をしてプリンターの電源を切る
　※この時USB接続されている場合は抜いておく
・一旦、プリンタードライバーをアンインストールしてPCを再起動
・以下ページより、フルパッケージダウンロード 【推奨】を選択しダウンロード
・ダウンロードしたフルパッケージドライバーを再インストール
これで症状が改善されるかご確認ください。

改善しなければ以下項目について対処後、再度試してみてはいかがでしょうか？
　※標準ドライバーがインストールされていたらそれも削除
　※同じようなプリンタードライバーを登録していればそれも削除
　※ブラザー公式のアンインストールツールを使用する
　※コントロールパネルでのアンインストールツールを試してみる
　※セキュリティソフトを一時停止する
　※フルパッケージではなく、一つ一つインストールする
　※付属CDを使用してみる
　※高速スタートアップにチェックが入っていたらチェックを外して再起動
　※プリンター本体を購入時状態に初期化する

【インクジェット/レーザー プリンター】(Windows)今まで印刷できていたのに、突然印刷できなくなった
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10255/

Webページからドライバーをインストールする方法
↓↓↓↓↓
https://www.youtube.com/watch?v=V7pUbPDKogU&feature=youtu.be

【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】ドライバーのアンインストール方法（Windows、macOS）
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10363/

動画で見る！ かんたん無線（Wi-Fi）ガイド
↓↓↓↓↓
https://support.brother.com/g/s/id/wlan_guide/j880/wlan_jp/

ソフトウェアダウンロード
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https://www.brother.co.jp/download/software/index.aspx