両面印刷・スキャンで裏面の途中から真っ黒になる

考えられる原因と対処法は以下のようなものです↓
https://support.brother.co.jp/j/b/manuallist.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw&flang=%e6%97%a5%e6%9c%ac%e8%aa%9e&type3=10306&type2=1005

1.トナーカートリッジを交換する
両面印刷を行う場合、トナーカートリッジの寿命が切れている場合、印刷品質が低下することがあります。トナーカートリッジを交換してみてください。

2.用紙の種類を変更する
用紙の種類を変更すると、印刷品質が改善される場合があります。特に、薄い用紙を使用すると、インクが透けて見えることがあります。より厚い用紙を使用してみてください。

3.印刷品質を調整する
プリンターの設定を調整して、印刷品質を改善することができます。特に、印刷品質を高品質に設定すると、印刷速度が遅くなりますが、印刷品質が向上することがあります。

4.プリンタードライバーを更新する
プリンタードライバーが最新のものに更新されているかどうかを確認してください。プリンタードライバーの更新により、印刷品質が向上することがあります。

5.プリンターのメンテナンスを行う
プリンターのメンテナンスを行い、ヘッドやローラーなどの部品を清掃することで、印刷品質を改善することができます。また、プリンターのファームウェアを最新のものに更新することもお勧めします。

以上の点を確認して、問題が解決しない場合は、ブラザー工業株式会社のサポートに連絡してみてください。

※なおご不明な点があれば再度ご質問いただければと思います。よろしくお願いいたします。

ドライバーの入れ直しをしてみたら如何でしょうか
https://support.brother.co.jp/j/b/downloadlist.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw&os=10013
ここにあるアンインストールツールで一旦ドライバーを削除し,PCを再起動する。
そして、ここからPCのOS(bitも合わせる）に合わせたフルパッケージを再インストールしてください。
(USBケーブル,LANケーブル接続の場合,USBケーブル,LANケーブルを外しアンインストール後再起動をかけ再度インストール)
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<参考>
インストールプログラムのダウンロード手順とプリンタードライバのインストール手順
https://support.brother.co.jp/j/s/support/information/faq/install/pdf/INS0031.pdf
(4)から進めれば分かりやすいでしょう。

【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】ドライバーのアンインストール方法（Windows、macOS）
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10363/
機種を選択して操作方法を確認してください
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故障の可能性もありますので下記で相談してみたら如何でしょうか？
オンラインチャットでのお問い合わせ
https://faq.brother.co.jp/app/interview/description_chat/p/1

オンラインサポートのご案内
電話予約でのお問い合わせ
https://faq.brother.co.jp/app/interview/description_tel_reserve/p/1

製品パネルから[メニュー]を選び、選択ボタンで[CAL]を表示させます。
キャリブレーションシートをもち、手前に黒い部分が来るようにしてセットしてください。操作パネルから[OK]を選ぶと、キャリブレーションがスタートします。
内部に送られたキャリブレーションシートが排出されると、パネルに[OK]が表示されます。

状況を察するにスキャンユニットの故障が考えられます。
スキャンユニットの場合はエンドユーザー側での対応が出来ず、修理以外の術がありません。

①プリンタ本体の操作パネルにある電源ボタンや中止ボタンを長めに押して電源
を切る
②コンセントを抜いて電源を切る
③数分間放置後、電源を入れ直して再度印刷をやり直す

これで解決しないようでしたら、ファームウェアの更新をしてみてはいかがでしょうか？
あとは、工場出荷状態に初期化してみてはいかがでしょうか？
また、付属CDを使用するのではなく、ホームページよりプリンタードライバーを入れ直してみてはいかがでしょうか？

それでも改善しないのであれば、残念ですが、修理を要する案件ですね。

両面印刷、スキャンで裏面が真っ黒になってしまうということは、
ADF（自動原稿送り装置）のセンサーに汚れが付いている可能性があります

ADFのセンサーを掃除する方法は、製品マニュアルの「ADF（自動原稿送り装置）のセンサーを掃除する」をご覧ください。
https://support.brother.co.jp/j/b/manualtop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw

記載されている「白紙除去機能」や「地色除去機能」を有効にしてスキャンを行ってみてください。これらの機能により、白紙ページや原稿の地色を自動で除去することができます

MFC-J6983CDWの特徴の一つである「両面同時スキャン」が原因である可能性があります。
https://www.brother.co.jp/product/printer/inkjet/mfcj6983cdw/feature/feature4/index.aspx

両面スキャン時に裏面が読み取られない場合、裏面が汚れているか、原稿の厚みが2.5mmを超えているか、原稿が大きすぎるため自動原稿送り装置の対応サイズを超えている可能性があります。その場合は、原稿を分けてスキャンするか、手動で裏面をスキャンすることをお試しください。

印刷詳細設定で、プリンターの機能という項目が英語表記になり、両面印刷の設定が出来ないという問題が報告されていますこの場合は、プリンタードライバーを最新のものに更新するか、ドライバーを削除し再インストールすることをお試しください。
https://okbizcs.okwave.jp/brother/qa/q9888414.html