スキャン方法とスキャンソフトウェアについて

スキャナーで借りた本や雑誌をスキャンしましたが、
そのスキャナーは本を横向きに置いた場合のみ天地が正常に読み取れるようになっています。
読み取り台の向こう側には蝶番があるので、
1ページごとに向きを逆にしながらスキャンするしかありません。
そのため交互に天地が正しく読み取れているページと、逆さまになっているページができてしまいます。

(1)これをすべて天地が正しい向きに修正するにはどうしたらいいでしょうか？
どんなソフトを使えばやりやすいでしょうか？
ソフト名を教えてください。
書籍のスキャンというのは誰がやってもみんなこうなるのでしょうか？
ｂｍｐの形式で保存してあります。

(2)これをゆくゆくはOCRにかけ透明テキスト付きPDFにしたいのですが、
どんなソフトを使えばいいのでしょうか？
ソフトの購入も視野に入れています。

(3)スキャンした後いっきに透明テキスト付きPDFにするにはどうしたらいいでしょうか？

スキャナー：ブラザー社製 MFC-6890CN
付属ソフト：Presto!PageManager

ちなみに富士通Scansnap S1500 や エプソンGT-X750
もありソフトもいくつかあります。