二つのWi-Fiルーターを使いわけられないのか？

複数のWi-Fiルーターの接続設定を使い分けることはできません。
質問者様の場合、iPad（セルラーなしのWi-Fiもでるでしょうか）
からの印刷のためにMFCーJ6997CDWを
モバイルルーター用に設定する必要はないと考えます。

もともとMFCーJ6997CDWは、仕様として
USBおよび有線LAN or 無線LAN(LANはどちらか一方排他選択)に
対応しているので、

オフィスでのCATVのWi-Fiルーターに対して、
有線LANないし無線LANで接続しておくことを基本として設定をします。
イメージ：
[CATVのWi-Fiルーター]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[PC]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[MFCーJ6997CDW]

そのうえで、iPadを
オフィスのCATVのWi-Fiルータに登録設定可能な運用ならば、
[CATVのWi-Fiルーター]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[PC]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[MFCーJ6997CDW]
＋（無線LAN）→[iPad]
と、すべてCATVのWi-FIルーターに収容することで、
iPadに導入したbrotherのアプリからプリンターを使うのが一番楽です。

このばあい、
モバイルWi-FiルーターとともにiPadを持ち出せばモバイルルーター経由で使えます。オフィスの圏内に入ったらWi-Fiルーターの電源を切ればよいだけです。

CATVのWi-FiルーターにiPadを接続させないポリシーなのであれば、
[CATVのWi-Fiルーター]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[PC]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[MFCーJ6997CDW]
の状態のまま、
MFCーJ6997CDW の Wi-Fi Directモードを有効にします。

そうすると、MFC-J6997CDWが仮のWi-Fi親機になるので、
CATVのWi-FiルーターにiPadを接続させないポリシーなのであれば、
[CATVのWi-Fiルーター]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[PC]
＋（有線LAN or 無線LAN）→[MFCーJ6997CDW]＋（Wi-FI Direct）→[iPad]

というように、CATVのWi-Fiルーターを経由せず、
MFC-J6997CDWとiPadを直接Wi-Fiで印刷やスキャン用に接続できます。
ただし、運用上はiPadもそのままインターネット接続できる点で、
圧倒的に前者のほうが楽だと思います。

詳しくは下記マニュアルを。
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html/cv_mfc6997cdw_jpn/doc/manual/index.html#GUID-DC088375-775B-49A5-ABEF-4A155622F7C7_250