インクジェット複合機の電話・FAX回線接続方法とは？

私は、ブラザーの関係者ではありません。
printer509 さんのこの質問は、下記の参加企業の質問サイトからですね。
https://okbizcs.okwave.jp/
この質問が、printer509 さんの操作により、ブラザーの質問サイトの中にあるQ&Aコュニティー「OKBiz」から、外部の質問サイトの「OK WAVE」にも接続・表示・公開されました。
Q&Aコュニティー「OKBiz」には、外部の質問サイトへ接続という表示が無いし、また、この回答は、ブラザーのサポート担当などからの回答ではありませんので、誤解されませんようお願いします。
「OK WAVE」とは、世界中のインターネットから、誰でも閲覧・投稿が出来る一般の質問サイトです。
私の回答は「OK WAVE」からです。




＞　設置した複合機はMFC-J998DNです。本機は光電話対応機器（NTT ひかり電話対応ホームゲートウェイ PR-600KI）から1本の電話機コードを本機に接続し電話とFAXを自動で振り分ける機能があるようです

変ですね。

MFC-J998DNには、「かんたん設置ガイド」「を見ても、「回線用」が1つしかありません。
取説「かんたん設置ガイド」の、「４電話回線に接続する」のひかり回線の図。
https://download.brother.com/welcome/doc101042/cv_mfc738dn_jpn_qsg_a.pdf


もしかして、PR-600KIの、電話ポートが「電話機（TEL）１」「電話機（TEL）２」と２つあることを言っているのですか？の

取説「PR-600KI　最初にお読みください」の各部の名称ページり下の方「ポート名等」の(6)を参照。
https://web116.jp/shop/hikari_r/pdf/HGW_600series_man_201904.pdf




＞　私は、光電話回線を電話用とFAX用の2回線を準備しました。

この２回線の意味が分かりません。
前記の、取説「PR-600KI　の、ひかり電話の使いかた」のひか電話の付加サービスの「裏面につづく」へ行ってください。
質問文の準備とは「ダブルチャンネル／複数チャンネル」と、「マイナンバー／追加番号」のどちらですか？

「ダブルチャンネル／複数チャンネル」の場合は、電話用番号とFAX用番号が同じで、ただ単に「チャンネルだけが増えただけ」ですので、電話用とFAX用が同じだと、電話がかかってきた時（着信時）に混乱します。場合によっては、電話が着信はない／FAXが受信しないのどちらかになります。
出来れば、次の「ダブルチャンネル／複数チャンネル」で、電話用とFAX用を別々にしましょう。


「マイナンバー／追加番号」とは、取説の通りに、PR-600KIの、電話ポートが「電話機（TEL）１」「電話機（TEL）２」が別々の番号に設定をすることです。
https://flets.com/hikaridenwa/service/mynumber.html

MFC-J998DNの回線自動切り替え機能は、回線1本にしか対応していません。
「かかってきた電話を、判別する」のであって、複数回線は想定外なのです。

例えばひかり電話ルータの方で、どちらにかけても「電話機1」のポートを使うように設定し、そこからMFC-J998DNに繋ぐようにすれば一応使い分け可能かと思いますが…
それだと電話中にFAX受けられないから2回線にした意味が無いか…。

やはり、通話用回線は直接電話機に、FAX用回線をMFC-J998DNに、接続するのが良いかと思います。
MFC-J998DNの子機は無駄になってしまいますね…。