ミシンがガコンガコンする

【プーリーを回すと重い、異常な音がするなどの症状が発生した場合は、ただちに使用をやめて、お買い上げの販売店にご相談ください。】

とありますので、お買い上げの販売店もしくはブラザーコールセンターにご連絡されることをおすすめします。
このまま無理に使用されると他の箇所の損傷を招く要因となり修理金額が高額になることが予想されます。

「E6」または「E06」のエラーメッセージが表示されます。
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https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/2095/
このページの内容は確認されましたでしょうか？

糸をセットされていない状態で
内釜を外して、はずみ車を手で回してみて回転が重かったり回らない場合は故障の可能性があります。

内釜をセットし、はずみ車が手でスムーズに回転する場合は、
電源を入れ、針上下ボタンで針を上に上げ、ランプが緑色になった事を確認してから、糸をセットしてみてください。
針穴に糸が通っていない場合は、糸を手動で針穴に通してください。
はずみ車を「手で回して」５ｃｍほど正常に縫えるか確認してください
スムーズに縫えたら、生地裏の縫い目を確認してください。

いずれの場合も、はずみ車を手で回した時に、違和感（重い、ひっかかる、異音）がある場合は故障の可能性があると思います。

一度全てのセットをはじめからやり直してみてはいかがでしょうか？
https://support.brother.co.jp/j/s/support/information/video/sewing/movies.html?prod=InnovisS500

また、一度も点検に出されたことがないのであれば、メンテナンスを兼ねて修理に出されてみてはいかがでしょうか？
「家庭用ミシン」「業務用刺しゅうミシン（PR/VRシリーズ）」に関するお問い合わせ窓口
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https://faq.brother.co.jp/app/interview/call_number_page/p/637