プリンターでスキャンした物が以前よりすごく薄く

No2です。
確認ですが・・・
>>プリントアウトしても当然すごく薄いです。
　ここで言うプリントアウトはＰＣから印刷しても薄いということですよね？　そのつもりで回答したつもりですが。
もし原稿をガラスに置いて印字されたのならそれはプリントアウトではなく「コピー」です。
コピーして薄いのなら読み取りしてから印字しているので薄くなるのは当然です。

少なくともドライバのせいではなさそうですね。
プリンタ側ではなく、スキャナー側が問題なのでしょうから、印字ヘッドを見たところでどうにもならないと思います。
・スキャナーの光源が壊れていて明るさが半減している。
・読み取るためのレンズが異常に汚れている（普通の室内環境でしたら5～6年では問題ないでしょう）。
・読み取りレンズ部の故障。
辺りではないでしょうか？

プリンター部が正常なのかどうかは普通のカラー原稿を印字すれば誰にでも判別できることですから、混同せずに考えるようにしてください。元の色が薄い原稿を印刷しても薄い色で出力されるのは当然だと思います。

スキャンした画像の問題とプリントアウトした画像の問題はそれぞれ別問題です。

スキャンした画像は読み取り部の問題であり、プリントアウトした画像は読み取り部は関係なく印字側の問題だからです。

プリントアウトした画像が薄いのは互換インクを使っている、プリントヘッドの不良などが考えられます。
まずはヘッドクリーニングをしてみてはどうでしょうか？
スキャン画像が薄いのは読み取り部内の汚れ（セルフォックレンズなど）が考えられますが、たぶんガラスを外せない構造だと思いますので自分で清掃は無理でしょう。

おそらく修理が必要と思いますがメーカーで５年以上経っている機種なので修理できるか・・・できたとしても値段はそれなりにかかりますので新しいプリンタを買ったほうが手っ取り早いと思います。

※ちなみにＰＣ側の環境は関係ないですよ。あくまでプリンタ側の問題です。

こんにちわ

手順1：ヘッドクリーニング
http://cweb.canon.jp/e-support/faq/answer/inkjetmfp/50527-1.html
・ヘッドクリーニングしましたら、プリンター側でテスト印刷をします。
・印刷がおかしい場合、プリンターに問題があります。その場合、修理に出す必要があります。
しかし、購入から6年近く経過しているため、購入したほうが安いと思います。
・逆にプリンター側でしっかり印刷ができていたら、PC側に問題があります。

手順2：PC側の環境整理
・Directx(DirectX エンド ユーザー ランタイム Web インストーラ)の更新
http://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=35
※更新が終わりましたら、WINDOWS　UPDATEをします。
※上記により環境が整いましたら、再度、PC側で印刷を試みてください。