被災地で自衛隊車両が警察に足止めを食らう！

役所として交通規制の権限が与えられているのは警察ですから、自衛隊とて警察の指示には従わなければならないでしょう。もし自衛隊の派遣が優先されるからと行った先で消防の車両と渋滞を起こしてしまったら誰が悪いのかという話になります。
もし「自衛隊は独自の連絡網で自立することができるから警察の指示に従う必要がない」という解釈が成り立つなら、陸自はいつでも（また）クーデターが起こせるということになります。「派遣命令が出ている。下がれ！」といえるからです。

元自衛官ならよくご存知でしょうが、こういった「実戦の戦場」では混乱や情報の錯綜というのは必ず起こります。こういった通信・連絡には世界一レベルの装備とノウハウを持つ米軍でさえソマリアでは混乱と錯綜を起こして損害を出してしまいました（映画「ブラックホークダウン」になりましたね）。こういったことをゼロにすることは事実上不可能です。

こういうときに「トラブルや問題を起こしてはいけない」と考えるのが日本人の欠点だよなあと思うのです。先の大戦のときから、日本人（≒日本軍）は予定通りに事が運ぶ限り極めて優れた能力を発揮しますが、何らかのトラブルで不測の事態が発生すると思考停止状態に陥りがちです。
「予定通りに進軍できないのは当たり前である」と現場の指揮官は考え、もし何らかのトラブルが発生したときには自分にはどのような権限が与えられていてどこまでは独断で判断し、どこからは上級の指令を受けて部隊として最善の結果を出すようにすべきかというのが指揮官に求められる能力です。その結果が「撤退」であるならばそれはそれで仕方がないことです。「どうしていいのか分からなかったので仕方なく引き返した」のであるならば（これまた軍隊ではありがちなことではありますが）、現場の野戦指揮官の能力が決して優れてはいなかった、ということだと思います。

>余震によるものですかね？
警察を疑う訳ではないが、機械ばかり頼っているイメージがあります。
警察は現物や地形に対し自らの可視による情報を的確に分析する能力があるのな？

警察も情報が錯綜して、現場の警察官にまで統制が行き届かないのかもしれませんね。
あるいは先遣隊が安全確認した経路でも、余震の影響で使えなくなっているとか。
こればっかりは現地へ行かないと把握できないですね。
傍から見ていてもどかしいと思っても、こういうときは現場に近い人の言うことを聞くべきと思います。だから現場の警察官を信じるしかない。

知り合いの「隊員」は自衛官ですか、省の職員ですか。

あなたがおっしゃるように、派遣部隊はいきなり本隊が動くのではなく、まず先遣隊を送って道路状況の偵察と現地の行政サイドとの連絡・調整に当たります。
もし本当に警察が自衛隊車輛を足止めしているとしたら、事前の調整不足か、もしくは余震によって状況が変わったのでしょう。