神社の倒壊予防の補助金

No.３です
補足を頂戴しました。
土砂災害警戒区域に指定されているようですが、指定は都道府県が市町村長の同意を得て指定します。
従いましてお近くの市町村役場に問い合わせてみてください。
下記の補助等は住宅が主体となっていますので、公民館や神社が補助の対象となり得るか否かは市町村の窓口で確認して下さい。
公民館が市町村の所有なのか地域の住民の方の共有なのかで変わってくる可能性があります。
神社を避難用の建物だとして公民館と一体にしてしまう手も考えられますが難しいでしょう。

移転が必要と認められれば
○住宅金融公庫で特別融資が受けられます。
○都道府県、市町村等からの補助があります。
補助の対象地区要件
○建築基準法第39条第１項に基づき地方公共団体が条例で指定した災害危険区域
○建築基準法第40条の規定に基づき地方公共団体が条例で建築を制限している区域
○土砂災害警戒区域等における土砂災害防止対策の推進に関する法律第８条に基づき都道府県知事が指定した土砂災害特別警戒区域
（２）対象住宅要件
○既存不適格住宅、又は建築後の大規模地震、台風等により安全上の支障が生じ、特定行政庁が是正勧告等を行った住宅

都道府県の補助は概略下記の範囲です。
危険住宅の除去などに要する費用で撤去費、動産移転費、仮住居費、跡地整備費等（限度額：802千円/戸）
危険住宅に代わる新たな住宅の建設（購入を含む。）のため、金融機関等から融資を受けた場合の利息に相当する額（借入利率：年8.5％を限度） （限度額：4,150千円/戸（建物3,190千円/戸、土地960千円/戸）。
ただし、特殊土壌地帯、地震防災対策強化地域、保全人家10戸未満の急傾斜地 崩壊危険区域、出水による災害危険区域及び日本海溝・千島海溝周辺海溝型地震に係る地震防災対策の推進に関する特別措置法第 ３条第１項に基づき指定された推進地域の場合：7,227千円/戸（建物4,570千円/戸、土地2,060千円/戸、敷地造成597千円/戸）。

詳しくは下記のURLをご参照ください。

住宅・建築物安全ストック形成事業について（国土交通省資料）
www.bousai.go.jp/fusuigai/dosyaworking/pdf/dai2kai/siryo4_2....

ご質問の神社が史跡や文化財として登録されていなければ、都道府県、市町村などからの公的な資金援助や補助はありません。
阿蘇神社さんなども独自に義援金を募集しています。

宮司さんつまり神主さんはおられませんでしょうか。
宮司さんは他の神社と兼務しておられる場合も沢山あります。
神社の組合のような神社本庁という組織がありますので、補助金の件も含めて問い合わせてみてください。
お近くの出先機関は下記の通りです。

福岡県神社庁
〒812-0055 福岡市東区東浜1-5-88
092(641)3505
佐賀県神社庁
〒840-0843 佐賀市川原町8-27
0952(23)2616
長崎県神社庁
〒850-0006 長崎市上西山町19-3
095(827)5689
熊本県神社庁
〒860-0005 熊本市宮内3-1
096(322)7474
大分県神社庁
〒870-0031 大分市勢家町4-6-72
097(532)2784
宮崎県神社庁
〒880-0053 宮崎市神宮2-4-2
0985(25)1775

神社庁などの会に加入していれば、見舞金や建て替えた後にお祝い金などが出ますが、ほんのわずかです。基本的には自分たちの氏子たちで協力して再建以外にないでしょう。

その神社に対して氏子会はありますか？
あれば、修繕費用寄付金を氏子や趣旨に賛同する人から募って行うのが普通ですが、高齢＆戸数が少ない現状であれば、神社庁に相談したらどうでしょうか？
それと、今までの神社のちょっとした修理・修復費用はどこが負担していたのでしょうか？