業者に預かって貰っていた車が浸水したら

駐車場契約や修理工場契約をしていないのなら難しいです

つまり、その会社が駐車場経営者でない可能性があります

長い付き合いで、口約束にもならない「駐車させてね」程度ですと契約はされていないと思います

今回はあきらめて・・・今後は、しっかりとした契約を交わす方向で話を進められると良いと思います

まずは再生できるかどうか確かめてからです。
テレビなどもリサイクル業者は　まず水洗いからです。水没したら100%だめということはないと思います。

自動車の販売修理会社でしたら損害保険会社との取引も知識もあるので修理預かり車両の賠償を保証する包括保険を契約している可能性がありますのでまずは損害請求したらいかがですか。再使用はまず不可能でしょう、乾いて始動しても発火の可能性もありです。

一応法的な賠償責任は自動車工場にあるみたいです。ただ、おそらくは決して経営に余裕がある会社ではないでしょうから、賠償を迫ると倒産という可能性もあり得るのではないかなと推測します。半沢直樹でもあったけど、地方の小さな工場の社長が首を括るときはたった百万円かそこいらのお金が用意できなくてというのがよくある話です。

質問者さんの自動車保険で車両保険に加入していた場合は、1等級ダウン（事故あり割増あり）と引き替えに保険を使うことができます。
長い付き合いのある人で、義理と人情秤にかけりゃあ一肌脱ぐのが男ってもんよという心意気なら、車両保険を使うのがその工場としては一番助かると思います。保険が出るなら部品代も手間賃もちゃんと請求できますから。