東日本大震災クラスの津波が来たら皇居や国会は？

全然問題ないですね。

東京という地形をご存知ないんだと思います。

太平洋側からの津波であれば、千葉県の房総半島を超えてくるような津波でなければ影響がないのがわかります。
南からの津波であれば、東京湾は浦賀水道という狭い通路を通って入ってくる水しかありません。
狭い浦賀水道の先が東京湾ですので、東京湾の水位が上がるためには、浦賀水道から大量な海水が流れ込んでこなければなりませんが、そもそもの通路が狭いので一度に多量な海水は流れ込んで来れません。

地形を見れば、津波に対してひじょうに防御されている地形という事がわか流と思いますが。

皇室は専用ヘリでサッサと避難します。
国会は津波では大丈夫です。

ん！？　となり近所に幾らでも高層ビルがありますので、ものの数十秒で移動するでしょ！？
その後、どうなるかは破損規模に応じて修復予算が組まれるんじゃないんですか？　庶民の自宅のように事情や条件で諦めるようなことは絶対にありません。

皇居や国会には津波は届きません

皇居や国会は、海抜で20mくらいの高台にあります。

また、東京湾の地形的なものって、津波を受けにくいんですよ。

まぁ、直接の影響は少ないですね。

行った事がないかもしれませんが、皇居から西側って高台なんですよ。