ウイルスによる現象でしょうか。

何かのアプリケーションを起動した時に「画面の解像度が変更」されたりしませんでしたか？

解像度が狭く変更されると、アイコンが「画面からはみ出す」ので、勝手に並び替えされてしまいます。

解像度の変更が一瞬で、一瞬で元の解像度に戻ったとしても、並び替えは発生するので「一瞬、画面が乱れたと思ったら、アイコンが並び変わった」って事が起きます。

また、起動時に、グラフィックボードの設定ファイルやデバイスドライバを正しく読み込めなかった場合、解像度が変わってしまうのでアイコンの並びが変わってしまう事があります。その後、再起動して正しく読み込めて、何時もの解像度で立ち上がると「何時の間にか、アイコンが並び変わっている」って事になります。

＞使用者は何もせずに、夜のうちに

それが本当だとすると、一時期ニュースで騒がれた「パソコン乗っ取りウィルス」に感染し、パソコンを誰かに乗っ取られて、乗っ取った誰かが解像度の変更とかをやって、ディスクトップのアイコンを並び替えてしまったのかも知れません。