ＦＭＶＦ77/D3　CPUの過熱対策について

https://www.fmworld.net/fmv/fh_23/1910/spec/
こちらのPCですか。

インテル® CoreTM i7-9750H プロセッサー
（HTテクノロジー対応）

となってますね。
https://ark.intel.com/content/www/jp/ja/ark/products/191045/intel-core-i7-9750h-processor-12m-cache-up-to-4-50-ghz.html
にCPUの仕様があります。

Tjunctionが100°Cとなっているので90℃って温度とかになってもCPU自体は恐らく大丈夫だとは思います。
ただBIOSやWindows上でCPUの温度が90℃異常って温度だと高すぎるのは確かです

https://www.fmworld.net/fmv/fh_23/1910/interface/?from=fh_23_float
https://pcsfield.com/support/archives/support7414.html
などを見るとPC上部に通気孔があるのでそれにホコリが詰まっているようなら掃除機で吸い取るとかでしょうか。
お使いのPCはデスクトップPCと言っても中身は限りなくノートPCに近くCPUクーラーの交換等も難しいです。

富士通はそのPCを安く作ることに熱心で、市販のクーラー交換を考えてなかった設計なのかもしれない。

直にクーラー・周辺を見て、どんなものを物理的に設置できるかを先に確認した方が良い。

でもまあ、ヒートシンクとファンを別々に買ってきてくっつければなんとかなるという話しは、ある。

寒い時期ですから　室内温度が高く無いですか?
吸気の温度が高いと排気の温度も高いです
暖房を控えめにすると変わると思いますね
逆に暑い時期は　冷房を利かす事も必要ですね
(私は　5月ぐらいから　パソコンの為に冷房使っています　友人は年間冷房と言ってました)

また　数年使われている様ですから　内部
ホコリが溜まって吸気&排気不良の可能性も有ります

メーカー製1体型のパソコンみたいですから　改造は無理です
メーカー独自設計ですから　使える物は　まず無いですね
CPUクーラー交換などは　自作系パソコンの話し
小型の扇風機を吸気場所近くに設置して風通しを良くする程度と思います

その前に、ボックス内を掃除しましょう。意外とホコリがたまっているものです。

ストレージの交換でそれほどオン後の変化があるとは思えません。そもそも、９０℃なんて言う高温だとMB上のパーツなどの温度もほぼ限界温度ですし、そんな温度であれば手をかざせば熱いのがわかるでしょうし、それらを入れているケース（筐体も）手で触れれば熱くなってるでしょう。そんな兆候はありますか？どのようにして温度を測ったのかわありませんが、その計測をしたツールの設定で温度の単位が「F」なのか「℃」なのかを確認するのが先でしょう。MBの温度を計測するソフトなどではこの二つの単位を切り替えられるものが少なくありませんので、そのようなものを使ってるなら確認してみてください。日本では温度の単位は℃が普通ですが、アメリカとかではFが普通です。この二つの単位系は基準とする温度が異なりますので、摂氏（℃）では３０度程度でも華氏（F）では９０℃以上になるのです。まぁ、PCの温度では使いませんがSI単位という世界標準の温度単位だと、℃の温度に２７３を足した数値になる（厳密には異なる）で30℃は303K（ケルビンと読む）になります。手をかざして熱いようでもなく、動作に不安もないようでしたら、まずはそのあたりの確認が先でしょう。今の室温や気温で９０℃にもなるとしたら、夏場の非冷房の場所で使えば、MIL規格の（軍用規格）や通信用規格（民生用ではない工業用や産業用の高規格品）の高性能な部品（通常耐熱温１０５℃）でも壊れてしまうでしょう。