国内株の配当控除について

補足に対する答えは既に#3さんが書いていた。
それ以外のことを書いてみます。

(1)にかんすることです。
所得税に関して総合課税にするか申告分離課税にするかはどの確定申告書類を使用するかで選択できます。申告不要を選択するときは確定申告書には何も書きません。
住民税に関して総合課税にするか申告分離課税にするか申告不要とするかは，どの所得税の確定申告書で選択するのではなく，住民税の申告書で選択します。所得税の課税方式と同じでよいのなら，住民税の申告書は提出しません。

> (1)総合課税にするか申告分離課税にするかは確定申告書類の作成時に選べるのですか？

確定申告書類で、総合課税／申告分離課税の選択ができます。

> (2)申告不要にした場合の税率(5％)は配当所得に対する住民税率ですか？それとも課税所得全体に対する住民税率ですか？

住民税で「申告不要」を選択した場合の税率は、配当に関わる源泉徴収税額の住民税分（5％）です。住民税の所得割（10％）の税率ではありません。

このことが、住民税では申告不要にしたほうがおトクになるケースが多い最大の理由になっています。一方で、確定申告では総合課税にしたほうがおトクになるのは、比較的所得が少ない人の総合課税の所得税率が、源泉徴収税額の所得税分（15.315％）より低いうえに、配当控除もあるためです。

所得税の確定申告を行えば，住民税は税務署からデータを回してくれるので，そのままでは住民税は所得税と同じ課税方式を選択したことになります。
それを避けるために住民税の納税通知書が送達される時までに住民税申告書(あるいは住民税申告書付表)で所得税とは異なる課税方式を選択することを申告するのです。その選択肢として申告不要が選択できます。

所得税の確定申告を行えば、地方税は税務署からデータを回してくれるので地方税は申告不要（直接）と言うことだと思いますが
株の配当と収益は収入として扱い確定申告する必要がある受け取り方と、所得とは別扱いで課税される方法があると思います。所得と別の課税の場合は證券会社から天引きされ払います。
口座開設時の書類等を確認していれば説明があったと思います。