ビデオ編集について

ムービースタジオ13の上位ソフト、Vegaspro13～15を使っています。同じだと思います。

元の動画をタイムラインに並べて、そのラインより上にビデオトラックを挿入し、差し替え動画を並べます。そして差替え動画のタイムラインはミュート（音声をゼロ）にしておきます。

いくつかの方法がありますが、これが簡単だと思います。

タイムラインに動画ファイルと音声ファイルを貼り付けて初めて音声付きの動画になります。
で、「音声」として貼り付けるファイルは「動画ファイル」を貼り付けますので、動画ファイルを貼らなければ音声は無しになると思います。
そこで、別に用意した音声ファイルを貼ればいいと思います。
勿論ソフトに対応した音声形式のファイルである必要があります、まぁmp3当たりが一般的かと思います。

あなたが望まれている編集方法は、今の編集ソフトでは”常識的”に装備されていると思います。
編集画面には「タイムトラック」と呼ばれるものがあり、それには「映像と音声」、「映像だけ」、「音声・BGM」、「テロップまたはタイトル」などのトラックがあります。
これに加えて、「レイヤー」と呼ばれるトラックがあり（または編集中にトラックを増やすことも可能）、ここに別の動画を配置します。
レイヤーは、複層に積み重ねするような意味を持ちますので、あとから積み重ねた映像が、元の映像より優先して再生され、音声だけはオリジナルで残る仕掛けです。
実際にムービースタジオ13を使っていないので確認は出来ませんが、ヘルプ機能か何かで「映像トラックを追加」を検索してみて下さい。

先ほど、ムービースタジオの使い方の参考ホームページで、編集画面を見ましたが、最初から「オーバーレイトラック」は用意してあるようですね。
オーバーレイトラックに乗せた動画にも音声があるのであれば、オーバーレイと表示された左の部分に音声ボリウムのようなものがありますので、ここで絞る形になるのでしょう。ご参考まで。

ムービースタジオ13は使った事が無いのでどうなのかは知りませんが、大抵の動画編集ソフトは動画ファイルと音声ファイルを別々に貼り付けて編集します。
なので、音声だけを貼り付ければいいかと。