再起動できない原因と対策方法

一度システム要件を確認してみて下さい。

基本に返り、最初から始めて見て下さい。
　(1)　マザーボードの電源を抜きボタン電池を取り外します。
　　　　システムの初期化です。余裕を見てお茶でもして下さい。
　(2)　CMOSがクリアされた状態で、一番利用したいストレージをインストー
　　　　ルして、BIOSの設定を始めから実行して下さい。時間設定を忘れない
　　　　ように。
　(3)　確認出来たらOSのインストールを開始。終了後デバイスのドライバー
　　　　（ソフト）をインストール。
　(4)　再起動してWin10へアップグレードのインストールを実行。

　普通。時間が掛かっても、強制終了しなくてもOSが自動的にインストール
　　　　を終了してくれるはずです。
　これでも駄目なら、カスタマーに問い合わせるか、専門家に質問してみて下
　　　　さい。
　初期化することでOSとCMOSのつながりも切れるはずです。インストール
　　　　する際には、完全にフォーマットしてみて下さい。クイックフォーマ
　　　　ットでも問題は無いと思いますが、気持ちが若干違います。

回答No.9と10を確認されてその通りであれば下記の電源管理のトラブルシューティングを試してみてください。
貴殿の技術力があれば読むだけで理解でき、解決できるかと思います。
もし不明な点があれば補足願います。

Q電源メニューにスリープが表示されません
https://okwave.jp/qa/q9516128.html

この当方の回答を参考にされたし。
特に回答No.25　〰　27　が参考になるかと思います。
　

一般的に再起動ができないのは、クローズ処理が完了しないことが多いのです。
コンピュータでクローズ処理が完了できないのは、高速スタートアップという新機能の悪戯が大きいかと思います。
これを完全に無効化しておくことで大半のトラブルが回避できています。
完全に無効化する方法。
確認手順は、下記の通りです。
コントロールパネル→電源オプション→電源ボタンの動作の選択→
現在利用可能ではない設定を変更します→「高速スタートアップを有効にする(推奨)」
のチェックを外す。
シャットダウンか、再起動をします。

高速スタートアップは無効化しているという記載はありましたが、それは上記のような設定をされているということを今一度確認しておきたいと思います。

> HDDに関してはパーティション削除したHDDでも新品の
> HDDでも問題が発生している
新品のHDDでも起こるのであれば、ブートストラップローラの悪戯は関係ないかも知れません。

powercfg /a
で、高速スタートアップが効いている為に悪戯していないか、
この場合は、高速スタートアップの無効かを試す。

その他として、Cパーティションのゾンビファイルが発生していないか、
Cパーティションのエラーチェックをしてゾンビファイルを削除、復旧させてみる。

その他として、BIOSの初期化をする。
どんなBIOSの初期化をしたのか詳細が記載されていないが、デスクトップの場合、コンセントを外し、ボタン電池を外すことが初期化の完全な操作となります。

それでもダメな場合は、補足願う。
電源管理のトラブルシューティングの調査に入っていくしかないと思われます。

SSDのみの接続時には問題ななく立ち上がり、シャットダウン後500GのHDDを接続して電源onしても立ち上がらないという事ですか。500GのHDDよりもSSDのほうがブート順位が下になってるという事はありませんか。BIOSのブート順位を確認してください。