図面指示の適正について教えて下さい

書き忘れ。
そうそう。仮に8ｍｍしっかりナット側であるタップが出来た所で、
Ｍ６ｘ８とか10ｍｍのボルトの先端部分も不完全ネジ部分があるので、
本当に8ｍｍまでタップが無いと困るのでしょうか。
組み立て図や取り付ける相手側やボルトの長さとかワッシャーで、
6ｍｍ程度が先端なのか7ｍｍ程度が先端までボルトが来るのか。
その辺ももう少しどうにかなるのなら、とも思います。

加工側視点で回答。
まずは「1.16」「1.65」の寸法にしろという指示なので、
やぶけまでしないが膨らむのも困るというのは無理です。
図面やあくまで数値上の寸法でいいのなら、
（1.16）（1.56）とか初めから書かない方がいいのと。
その代わりに（破れ・膨らみ無き事）などの一言書いておけばいい。
（）内のは質問者も分かっているだろうけど、参考数値です。
この画像の図面ではこの寸法でと指定なので、ふくらむのは当然だとしか思えません。

ただ、根本の問題は肉厚が1ｍｍ程度しかない事です。
前の方も回答に書いていますが、ドリルで加工するにもそんな高精度の寸法が出来るものではありません。
Ｍ６ｘ８でその先に3ｍｍもの余計な深さをさせるのが問題。
3ｍｍ→2ｍｍで8+2＝10ｍｍ
Ｍ６ｘ８と書くのなら（完全ネジ山、８ｍｍ）とか
M６ｘ８で（下穴貫通不可・破れ・ふくらみ無き事）
下穴Φ5.0ｘ10（破れ・ふくらみ無き事）
とか一言書いておけばいいだけ、何も設計表記内だけでどうにか出来るとかその表記指示は加工者が特に別の会社がするのなら、
誰でもわかる指示にするか、この表記はこいう指示と分からないと意味不明とかになる。

ドリル加工について
通常ドリルは上からや横でも加工する物に対してドリル側を押して加工します。
1ｍｍ程度がどれくらい薄いのか、また加工中熱が出ます。
0.1ｍｍとかドリルで加工する部分はあくまで数値で送る量は見えていても、それが正確に加工出来る物ではありません。

本気でその指定した（1.56）とかの寸法に収めた精度のドリルで加工をした所で熱や送りの負荷でおそらくぎりぎりだろうと思います。

タップでそのまま使えば当然質問者のような下穴の深さも必要になると考えての事だとは思いますが。
想定するに不完全ネジ山分の深さもと考えた結果だとは思いますが、
タップの３番を少し改造して２番で下まで加工した後に改造３番タップで一番下まで加工すれば出来る。
ようは不完全ネジ山を削り落とすだけ。
ただ、そのコストや手間をしてまでも貫通やふくらむのを止めるというのであればそうした図面の指示を書くのか、
上にも書いた一部を書いて、別枠でここまではほしいと書く事で、
質問者が居なくなっても誰でも分かるようにするのか、
ある程度自分が分かればいいし、加工側に別紙で書くのか。

　加工順などは多数回答ありますので、クリアランスについてだけ回答します。

　具体的なデータやエビデンスに欠ける感覚論で申し訳ないのですが、私なら3mmは確保したい、せめて2mmは切りたくない、という感じですね。
　設計値1.16で膨らみが出た、というのは「そりゃ、そうなるよ」という設計です。

「指示通り加工すれば問題ない」というのは、申し訳ない言い方になりますが「CADしか見てない設計者が言う事」という、まさに典型例です。
　そもそも切穴の先端部というのはドリル先端角度に依存し、工具次第でバラつきの激しい部分です。
　新品ならともかく、ドリル先端は手研ぎしたりもするのですから。また仮に同じ角度でも、切れ味やキリコの排出次第でも膨らみが出るでしょう。
　さらにタップ下穴なので浅いよりは深く入れたいわけですから尚更です。
　そのあたりを厳密に管理すれば成立するかも？　という設計です。要はそこにコストを強いる構造になっているわけです。
　仮にその先端部に公差指示を入れて見積もりを取ったなら、それだけで値段がかなり変わります。断ってくる加工屋さんも出てくるでしょう。
　そういうレベルの指示です。

設計者です。
工程順については他の方の言う通りタップ後に溝加工をすればOKでしょう。
弊社でもそうします。

おそらくご質問は
＞1ｍｍ程クリアランスがあれば十分なのでしょうか？
この部分だと思いますのでそこをお答えします。

これはコンフラットフランジ（ICFフランジ）なので高真空用途に使うと思われます。
「指示通り加工すれば問題ない」というのは「指示通りに加工すれば1㎜以上のクリアランスがあるので使用上問題はない」という事ですよね。
これは設計者として同意します。
それだけのクリアランスがあれば高真空に使っても問題ないという意味でしょう。

＞1.16位では膨らみや貫通等の恐れがある
「指示通り加工すれば」貫通はないと言いたいのだと思います。
膨らみについては加工順の問題ですから設計の問題ではないという立場だと思います。（加工できないようなでっけいなら問題ですが）

どうしても不安がある場合はタップ下穴は平らになるようにドリル+エンドミルで行い、タップは先を少しカットしてねじ加工するようにすればクリアランスも大きくできて安心です。
弊社では「タップ平先」という指示でそのように加工してもらっています。

タップ、少なくともネジの下穴の加工を先にし、後からザグリをすればよい