エンジン寸法計測

ヘッドとブロックが外せる状態でしたらコピー機（大きさにもよる）に乗せコピーしてしまう方法もありますよ。
窓で日の光に照らせばずれている部分の確認も簡単です。
ご参考までに、

ボルト部分は穴をあけないとだめです。
発色荷重は数種類あります。
下記ご参照ください。
http://www.prescale.com/JP/J_FILM01.htm

かなり専門的になります。メーカーの図面でご確認されればお分かりと思いますが、シリンダヘッドとブロックの勘合はノックピンの位置精度は、最大数十ミクロンオーダーと思います。従ってノックピンの変形といっても目視レベルでは判断できません。ノックピンを交換してみてください。ノックピンの位置精度が変形したというのは、ご回答の例ならばありうるかもしれません。
技術的に公開が差し障りがあるようでしたら、メールください。

ヘッドとブロックの合わせ面はたぶん平面だと思いますので
図面をその面に当てて赤鉛筆などでこすって
現物が図面通りできているか確認することもできます。

ただし、調べたい部分が正確に１／１で紙に表現されているかとか
紙の延び（特に梅雨時）にはご注意ください。

それから精度ですが、技量にもよりますが
１ｍｍもずれてるような物を調べるのには使えますが
０．５ｍｍ以下なら誤差のうちかなと思います。
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図面に寸法がどの程度入っているかによりますが、金尺でも結構計れると思います。

組立品を分解し、再組立しようとしたら、微細なズレが見つかったというのは、よく聞きます。分解前にすでにそのような状態になっていたか、または、ズレを見逃して分解したかのどちらかです。
ズレが発生したというのであれば、ノックピンの変形をチェックしてみては如何でしょう。シリンダーヘッドとブロックの間に目視で確認できるズレが組立後に生ずるというのは有り得ないです。
組立て当初から存在した、つまり、部品の製作誤差によると言うのが、当方の直感です。
念のため、対称性にも留意してください。