無線LANルーター2台使いについて

＞wifi6の端末が増えたのでONUも対応したものとかにしたほうが良いのでしょうか？

ONUは光ファイバーと有線LANの信号変換をしている機器ですので、Wi-Fi機能に関係なく、使用し続けられます。
また、PR-500MI という型番は、単なるONUではなく、ルーター機能を持つ「ホームゲートウェイ」と呼ばれる機器ですので、そこでインターネット接続(ぷららv6エクスプレス対応)している可能性があります。

＞WX3600HPを選択したのは今使っている無線ルーターが
＞プロバイダー(ぷらら)のIPv6対応していなかったので
＞対応しているものを購入しました。

実は新ルータを買うまでも無く、PR-500MIがIPv6対応していたんです(ホームゲートウェイが有効な場合)。
現在、どのルータでインターネット接続しているのでしょうか。それを確認した方が良いです。

一度、ノートパソコンのWi-Fiをオフにして、PR-500MIと有線LANケーブルで接続してみてください。
その状況で、インターネット通信できるでしょうか。
もしできているならば、IPv6にも対応済みである可能性があります。
次のサイトを表示して、テストしてみてください。
→https://test-ipv6.com/

もしそれでIPv6通信に成功していたなら、無線LANルーター1・2は、「無線アクセスポイント」として使うのが良いでしょう。(添付図1番目パターン)
無線ルータ背面などに機能切り替えスイッチがあるようであれば、「アクセスポイント」(機種によっては「ブリッジモード」とも)に合わせて再起動すれば、PR-500MIのインターネットを生かしてWi-Fi電波を飛ばせます。

ただし、IP体系が多少変わる可能性がありますので、各種機器(ネットワークプリンタ等)の再登録が必要になるかもしれません。

----

PR-500MIと直接繋いで、インターネット通信できなかった場合は。
新しく買った PA-WG2600HP3 の方を、親機として使います。

光ファイバ --- ONU(PR-500MI) --- PA-WG2600HP3

と接続し、「ぷららv6エクスプレス」が有効になっていれば、自動接続できるはずです。
そしてこれまで使っていた WX3600HP は、「アクセスポイントモード」にしてその下に接続します。
それで、両方のルータの電波を有効活用できます。(添付図3番目パターン)

PR-500MIのルータ機能が有効かどうかにより、適用パターンが異なってきます。
また、余ったルータを「Wi-Fi中継器」として使うことも可能ですので、その様な利用方法もできます。(添付図2・4番目パターン)
ただ、中継器は何かと不安定ですし速度低下の原因になりますから、出来れば有線LANを伸ばして「アクセスポイント」として使うことをお勧めします。