強制的なシャットダウンによる不具合とは？

ダーティビットは無関係。

強制終了すると、先にexplorer.exeが終了してしまい、本来explorer.exeに記録されなくてはならないウインドウの位置情報や大きさの情報がレジストリに書き込まれません。
次回の起動時に書き込まれて更新されます。
これだけで
>次に電源を入れると立ち上がりに非常に時間がかかることがある。
となるかというとやや（かなり）疑問ですが、ほかにも前回のシャットダウン時に正常に更新されなかった情報を書き込んでいるだろうということは考えられます。

> シャットダウン時にファイルが開いていると強制的にシャットダウンされますが、

この意味は、厳密にいうと２つあります。
シャットダウンさせたとき、パソコンが何ら問題なく稼働していれば、各アプリケーションに緊急割り込みを入れ、「至急終了処理しろ」という指令を出します。
この指令に対し、アプリケーションは直ちにオープンしていたファイルをクローズして、完全にI/Oの完了待ち合わせが終わったら、アプリケーションは、OSに対し、「完了しました」と報告を入れます。
こうしてすべてのアプリケーションが完全に終了処理をしたことを受け電源断します。

もう一つは、パソコンがハングアップした状態で、キーボードも、マウスも全く反応しない場合は、電源ボタンを長押しして、強制終了させた場合は、質問者さんの言う、
> ファイルが開いていると
この状態で電源断するのは、非常に危険であるということ。
特にオープン中の書き出しをしているファイルに対して、強制電源断をすると、ファイルの終了を示す、「エンドマーク」が書き出せないことです。
次に電源を入れた時に修復できるものは修復しますが、修復できないものは、俗に「ゾンビファイル」と言われるもができます。
このゾンビファイルが増えると起動、終了時時間がかかるようになります。
これを修復するのは、Cパーティションのエラーチェックです。
よって、エラーチェックをかけて、パソコンのメンテナンスをするという意味は、このゾンビファイルを探し、システムに変換するという処理が有効なのです。
そのためには、Cパーティションをできるだけ小さく設定して、このCパーティションのエラーチェックを早く終わらせたいとパソコンに慣れた人はせいぜい、100GBか、200GBにしていると思います。

ファイルだけを開くことは出来ません。アプリケーションプログラムが開いているのです。強制シャットダウンされるのはアプリプログラムで、ファイルではありません。アプリが処理中のファイルを書き戻そうとする最中だったとしても、書き戻しが終わってからシャットダウンされます。ファイルには何の影響も与えていません。それが原因で再立ち上げに時間がかかるとは考えられません。

＞シャットダウン時にファイルが開いていると強制的にシャットダウン

こういう状況では、アプリ等は強制終了しますが「開いたままのファイル」が破損する可能性があるので、Windowsは、HDDなどのディスクに「使用中のまま強制終了した」というマークを付けます。

次に起動した時、この「使用中のまま強制終了した」というダーティマークが付いていると、起動中に「ディスクの簡易スキャン」を行ない、ファイルが破損していないかチェックします。

このスキャンには「それなりの時間がかかる」ので

＞次に電源を入れると立ち上がりに非常に時間がかかることがある。

と言う状態になります。これは「仕様」ですので、これを回避したり短縮したりする事はできません。

場合によっては「大事なファイルを破損して失ってしまう場合がある」ので、シャットダウンする時は、すべてのアプリを正常終了させてからシャットダウンしましょう。