IE11でマウスのスクロールが悪い原因と対処法は？

とりあえずハードに原因があるかどうか確かめてはいかがでしょうか？

まず競合するデバイスがないかどうか確認してください。
よくあるパターンはゲームコントローラ、キーボードです。
ゲームコントローラが設定などでマウスの動作に影響を及ぼすケースがあります。
もし接続されているとしたらコントローラを外して動作確認します。
その次はキーボードを疑います。
何らかの理由で方向キーなどが押されたままになっていてキーが戻らない症状が出ることがあります。（汚れなどで）
そういう場合もマウスの挙動に影響を及ぼす場合があります。
簡単に言えばマウス以外の操作デバイスを外してみることです。

それでも挙動に問題があれば今度はマウスを外して違うマウスで操作を試します。
これで普通に戻れば原因はマウス自体です。
となるとマウス交換で解決します。

上記の2点を試して解決しない場合は原因は本体かOS（又は特定ソフト）による可能性があります。
その場合は詳細なハード環境と入れているソフトなどの状況などを聞かないと解決に至らないかもしれません。

もしIEのみでの挙動だとしたら一度クッキーや履歴をクリーンアップするのもありだと思います。
場合によってはIEからへんなの（スパイツールなど）が入り込んでいるのが原因かもしれません。

マウスを換えてみる。
通信速度測定サイトで通信速度測定してみる。
なかなか動かない時にタスクマネージャーを開いて何が行われているのか調べる。
アップデート中の可能性があるので、一日待ってみる。