パソコン再セットアップ後にNEC独自ソフトがインストールされない理由

型番の記載がないので、はっきりとは言えませんが、「ソフト＆サポートナビゲータ」はありますか。
もしあれば、それを起動して、「ソフトを探す」タブの、「安心、便利」の項をクリックし、「おてがるバックアップ」がないでしようか。
当方の場合、Windows8.1は、「おてがるバックアップ」です。

Ｍicrosoftのセットアップ用ディスクを使って再セットアップすると、NEC独自のソフトは消えてしまいます。

Cドライブをフォーマットしていないなら、ルートかOLDフォルダかにAPSETUPフォルダが残っていると思います。その中に、NEC独自のソフトのインストール用ファイルがありますので、自分で入れ直すことができます。

CドライブをフォーマットしてしまってAPSETUPが残っていない場合は、NEC独自のソフトは諦めるか、約1万円で正規のNECリカバリディスクを購入して全ドライブをフォーマットして入れ直す必要があります。

まずはお使いのPCの正確な型番を書きましょう。PC本体や保証書に記載があります。

Windows 7で再セットアップディスクを使用してパソコンの再セットアップを行う方法
http://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/relatedqa?QID=017253
Windows 8.1で再セットアップメディアを使用してパソコンの再セットアップを行う方法
http://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/qadoc?QID=017235
Windows 10で再セットアップメディアを使用してパソコンの再セットアップを行う方法
http://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/relatedqa?QID=018704
あたりを試されたのでしょうか？
通常ならNEC独自のソフトはプリインストールされた状態になるはずです。
ただしOfficeとかは別途インストールしないとダメな場合もあります。