ぷららｖ６エクスプレス（IPoE接続）の速度低下

v6は速度保証する訳では無いので
ぷららに連絡しましょう

IPoEとPPPoEは認証方式が異なりますが、結局のところぷらら光（またはドコモ光+ぷらら）では「NTT回線」を使うので、NTT回線や集合住宅の場合は建物内で渋滞を起こせば結局症状は改善しません。
IPoEに切り替えて改善が見込めるのは、PPPoEの認証サーバーの混雑が原因のケースです。多くの場合はここが速度低下のボトルネックになっているので、方式を切り替えて改善するほうが多いのです。

有線接続時に数値的に悪くなっているというよりは、速度の振れ幅が小さくなっているとみるべきで、悪化とは言えないかと。そもそも「速度が落ちている」なら、下限値も下がるべきなので、通信方式でというよりも別の問題（ケーブル、RS-500といった物理的要因、建物・地域的な要因）と考えるほうが良いかも。
ほかにやれることというと、RS-500KI側でPPPoEの設定をしていたのであれば、IPoEのオーバーライドがうまくできていないとか。RS500のメンテナンスから「電話関連以外初期化」（ひかり電話契約していないときは完全初期化）を実施してどうなるか。
それでもNGなら、何が原因かをぷららサポートに相談するしかありません。速度調査するにしてもこちらに質問として投げても回答は得られません。
まぁ、ベストエフォートなんで、速度的に20Mbpsも出ていれば動画視聴程度ではさほど問題がないので、帯域保証したいなら法人向けの高い契約（ぷららにはありませんが）を考えたほうが良いです。

もし、Wi-Fi接続の速度を高速化したいという話であれば、まずSSID3を使っているかの確認。
SSID3接続していての数値であれば、そもそもの話としてRSのWi-Fi性能はあなたが求める性能より低い可能性があります。
現在市販されているフラッグシップモデルのルーターはビームフォーミングだなんだと機能が充実しているので、無線接続に関してはそっちを購入して配線したほうが充実するかもしれません。環境的な部分があるのでこれもまた絶対ではありませんが。

IPv6で速度が速くなるとは限らない
高速道路で例えると
IPv6・・・ETCを使いノンストップで出入りする
IPv4・・・手渡しで料金を払う
確かにIPv6の方が早い、しかし高速道を走ってる間はどちらも同じです。
もし、道路が混雑しておればIPv6もIPv4も同じように速度が落ちる

そして、インターネットの出口は各プロバイダーが担うが、プロバイダーにより出口のゲート数が異なる
ゲートが少なければ利用者が多い時はETCでも遅くなる

IPv4もIPv6もNTTの同じ光ファイバーを使ってるので貴方の家からプロバイダーまではどちらでも速度は変りません。

結局、ぷららの処理能力に比較し利用者が多いから速度が出ないのです。