goto落ち合い旅行の場合の交通費削減方法

GOTOトラベルが「ツアー」のみを対象にしている以上、質問者様の希望するすべてをGOTOの対象にすることは困難です。(多分方法はありません)
まず、ツアーというのは団体旅行の1形式ですので、本来は参加者全員が同じ駅に集合してそこから新幹線なり在来線列車に乗って一緒に…という姿です。しかし、それではあまりに杓子定規だし、ツアー集客上も特定の駅(例えば新大阪駅)のみを集合場所にすると、集客が難しく(要するにツアー自体が売れなく)なってしまうので、京阪神みたいな比較的近い範囲内では、いくつかの出発地(集合地)を用意することができ、実際選択できるツアーがあります。しかし、それはあくまで京阪神周辺程度の比較的近い範囲だからできることで、しかも旅行会社が予め準備している場所でしか対応できません。
ですので、質問のようにツアー参加者の一部が関東から参加という場合に全員の全行程を1つのツアーで賄うことはできないのが普通です。

この場合以下のいずれかになりますが、実際費用はツアーじゃない正規の金額と比較しても割高になることすらあります。
ただ、今回の場合は関西の人と同一ツアーで賄える部分は35％引きになるので、それ以外の部分を正規で別払いしても総額でみれば正規交通費を払うよりは安くなる可能性があります。

1.関東発の人は宿泊のみのツアーで手配する
宿泊のみのツアー扱いがあればGOTOトラベルの対象となりますが、1人のみ参加が不可能の場合も多いです。(今回のように関西発の参加者が別にいる場合、交渉次第では1人参加ではないとしてくれる場合があるかもしれませんが、絶対可能と外の人が断言することはできません）
また、手配時に関西発の同行者がいることを伝えておかないと、宿泊先の部屋がお互い離れてしまうことも起こります。（というより伝えていないのに偶然近くの部屋になるなんてことは絶対と言っていいほどないです）
往復交通付きのプランで1人参加可能なものが見つかれば、そちらの方が往復交通費もGOTOの対象となりますが、ビジネスホテル的な宿以外で1人参加できるプランはまずないと思います。

2.関西発のツアーに首都圏発を含めて4人で申し込み、その関西の出発地までは首都圏発の人が別途費用で移動する。
この場合、関西からのツアーはGOTOの対象となりますが、首都圏～関西の移動は別途支払いで、移動だけのツアー(そのようなものがそもそも少ない)でGOTO対象になるものもまずないので、こちらは正規交通費実費が丸々必要になります。
なお、通常でしたら、首都圏→山口県を1枚の切符(通しの運賃計算)で移動できるものを首都圏→関西と関西→山口県に分けると、後者の関西発の部分がよほど激安でない限り、分けた方が損になります。(JRの運賃計算は長距離ほどキロ当たりの単価が安くなる計算になっている為、また東海道山陽新幹線は新大阪を境に両者の料金を合算するのではなく、通算距離に応じた金額で、こちらも区間を2つに分けると大抵割高になります）
しかし、今回の場合関西発のツアー部分が35％引きになるので、首都圏からの往復がたとえ正規運賃になってもトータルで見れば十数％程度は安くなっている可能性があります。（それでも結果として区間を2つに分けたことによる割高が吸収できない場合もあります）
ちなみに、たとえば新大阪出発のツアーの場合、首都圏からの参加者はそのツアー列車より前に新大阪に着く列車（つまりツアーで指定の列車が東京発であってもその列車を選ばすそれより前の列車)で新大阪へ向かい、いったん新大阪の改札を出てから他の参加者と一緒に改札を入る前提で計画を立てた方がいいです。
というのはツアー用の切符はその詳細な使用条件がツアーごとに異なりますが、最も厳しい条件(その場合割引率がかなり大きいことが多い)の場合、券面に記載された乗降駅以外の改札は一切通れない（＝東京－新大阪の普通の切符と新大阪発のツアーの切符2枚で山口県の駅改札を出ることができない)ことがあるからです。