頭や身体の洗いすぎはかえって不潔ですか？

不潔ではないですが、あまり洗い過ぎると常在菌が無くなり悪玉菌が増えるので逆に臭くなったりします。
ゴシゴシこすらないようにすれば大丈夫だと思います。

朝と夜に頭と体と顔を洗っていますが不潔と言われたことはないですね。普通じゃないでしょうか。

洗い過ぎて不潔ということは無いですが、皮膚を傷つけつほど擦るとそこから感染するかもしれません。