香典について。

４０代後半の社長個人名義の香典が１万円だったならば、３０歳代で雇われている立場の『私』は、5000円がよろしいかと思います。
同額返しが基本という考え方もあると思いますが、友人間ではなく会社等組織の場合、立場（収入）が違えば必ずしも同額返しである必要はないと思います。
あとは職場の習慣にもよるでしょう。
一番いいのは、自分の（父親の）時に１万円いただいたから－とは考えずに、同僚の方たちと同額にされておくことだと思います。

このほか地域風習等ありますが、私の勤務先では、役員でも１万円を出される方はおらず、次長（部長の次の役職）以上の役職に就いている人は5000円、それより低い役職および役職についていない人は3000円が慣習化しています。
慣習化していますので、3000円でも非難されることは全くありません。

私が住んでいる地域でも3～5000円が相場ですね（これは年代問わずですが、30代ならば妥当な線と思います）。
私が住んでいる地域では、遠目の親戚や姻族が個人名義で１万円を出されることが多いですが、それ以外では本当に親しい友人・知人・ご近所さんくらいしか１万円は出しません。
ですから、私の母が亡くなった時、弟の取引先会社の社長さんから１万円送られてきたのでみんなで驚きました。

お気持ちは1万円をお考えのようですので，この金額が一番いいと思います．
香典のやり取りの基本は貰った時の金額です．
今はお返しを考えると，最低6千円ですが，付き合いの薄い義理関係の方で，お付き合いがある同士では1万円が多いです．この場合も上司部下で考えるのではなく，貰った額が2万とか3万なら少なくてもいいでしょうが，1万円が通常と思います．

お香典の金額は、習慣の違いからかなり地域差があります。No.１さんは3千円と言い切っていますが、当方の地域（関東都市部）では3000円は5％以下で通常は最低が5000円です。（手伝いで会計をしているときにこんなもんでしたよ）
お通夜にお参りする方が多く、告別式と異なり、通常の半返しのお返し以外に通夜振る舞いと通夜返しが別にあるため、3000円では施主さんが大きく赤字であることも起因しています。
いただいたときの会社名義分は考慮しないで良く、個人で出した1万円を限度として、通常お包みなさる金額は、会社の同僚さんと同額で良いと思います。
まあ、5000円～1万円でしょう。
私は４０代半ばなので、会社の同僚や友人の親族の場合には１万円にしています。

一般的には、部下(目下）は、上司（目上）より、少なめにお渡しするのが、マナーです。

こちらに年代別、関係別で見やすい相場表がありますので、宜しければ参考になさってください。
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http://www.osoushiki-plaza.com/library/data/kouden01.html

　社長からの香典が１万円ならそれ以下のほうがよろしいかと・・・

　相場はおよそ５０００円です。