税関について。税関から初めて連絡来ました

「とある商品」がどのような分野でいつからいつまで輸入したのか分からないので、確定はできませんが、１．個人の輸入として、数量が限られているもの、２．個人の輸入として免税枠があるもの、３．短期間に著しく分割輸入した場合、一括輸入とみなした場合の関税の問題等。おそらく輸入時は、海外か日本の業者との決済で関税の計算と決済は済んでいると思いますが、為替レートや端数の計算の仕方で、関税に差額が生じた可能性があります。参考までに、昨年の１１月と本年の１１月では数円ほど円安になっています（銀行間為替レートと税関のレートは若干違います）。いずれにせよ、勇気を出して電話しましょう。

電話が来たから即課税と言うことは無いと思います。まずは輸出入事後の調査だと思われます。量や回数が多いようであれば個人か販売目的かをたずねられると思います。

すべての輸入物品には関税がかかります。
税関に連絡して、輸入物品の申告をして、課税される税金を支払いしましょう。
放置すると、関税法違反で罰をくらうことになります。すべての輸入業者や個人輸入者は輸入申告して、関税を払って輸入し国内で輸入品を販売したり使用したりしています。
あなたの個人輸入の量が多く関税法違反の脱税容疑がかかっているので、（初犯？）早く対応しないと悪意がある（脱税常習犯）とみなされ、脱税容疑で逮捕されたり、脱税容疑で送検起訴されたりするおそれもあります（犯罪者になる？）。法律は知らなかったでは済まされません。
そうなる前に、すみやかに税関に連絡して、輸入物品の輸入額が分かる伝票や記録ノート等の資料を持参して、申告・是正措置を行って、関税（重加算税が課せられるかも知れません）を納税しましょう。初犯で悪質とみなされなければ、始末書で済ましてもらえるかも知れません。
法律は知らなかったから済まされるものではありません。法を犯せば裁判にかけられ罰せられ有罪者となるのです。
なのですみやかに税関にでむき、所定の輸入申告の手続きをして関税額を納めてください。
外国旅行で、外国でものを購入して国内に持ち込めば、空港の税関で輸入関税を支払いますが、あなたのように個人輸入する場合は、関税未納物品に該当しますので、最寄の税関に輸入申告して関税を納入する必要があります。金額や物品が多かったり、輸入頻度がおおければ、ある程度まとめて申告すればよいかとおもいますので具体的なやり方は最寄税関（電話連絡のあった税関）に相談してください。

個人輸入についての質問ではないかと思います。
関税・輸入規制品の有無調査。