大学院の生態学専門についての皆さんの意見を教えてください

植物生態学と微生物生態学とで結構事情が異なると思います。

植物生態学なら、北大、東北大、東大、京大、神戸大、九大あたりが良いと思います。

微生物生態学は私は縁が薄いのですが、少なくとも東北大、東大ならそれなりの研究ができると思います。

とにかく世間における知名度と、生態学の良い研究ができる大学院は必ずしも一致している訳ではありません。
そこで、例えば自分の興味ある研究キーワードをいくつか日本語or英語でGoogle Scholar等に入力・検索し、それでひっかかった論文を書いている研究者を探しましょう。その人が教員となって所属している大学院を探すと良いと思います。

どの専門についてもいえることを回答します。

学会（本件の場合は「日本生態学会」）の公式サイトで，
１．学会誌のバックナンバで著者の所属大学をみる。
２．役員や委員の所属大学をみる。
３．回り持ちの学術大会や例会を開催している大学をみる。
４．場合によっては「○○学を学べる大学の一覧」がある。