他大学院の推薦入試の辞退

相談先がここ（ネット）しかないのなら、ご質問者さんは詰んでいると思います。

真っ先に相談をするのは、あなたを推薦した自身の大学の推薦者です。次に進学したい院の責任者か教授。
この２人に話ができないような信頼関係の場合、かなり難しいです。
あなたがトップクラスの学生で、進学希望先の学部長か教授にあなたが欲しいと言わせ、推薦者（おそらく学部長？）の先生に、それを納得させることができないなら、あなたが少しの行動をした時点で、学部長は推薦先の義理を通すためにあなたの推薦を取り消すとともに、あなたの自大学院への進学の道も閉ざすでしょう。
これをひっくり返すためには、すべての自大学院受験者のトップの成績を取って自力で進学を決めるしかありません。

私、学部生の時に就活に失敗して、院の受験をしました。学部の中の研究室で、各々何人が受験し、受かった人をどの研究室に割り振るというのが先に決まってる出来レースでしたが、その中に突然受験をするわけですから、私は裏切り者のわけです
私の研究室には教授はおらず、学部の中で最も力のない研究室でしたが、先生に協力をしてもらい、他の教授のいない研究室の先生と共同で受け入れ先を作ってもらいました。
そのうえで、トップ成績で合格をしたわけですが、有力な教授にいる研究室から不合格者＝研究生を出したわけですから、いろいろと確執がありましたよ。少々の得点差では、筆記中心のテストですから、合否を覆されても文句は言えません。合否決定で、あいつを不合格にするのはおかしいと力のない先生が発言出来るだけの実績を残すことが必要です。
私の場合、推薦を蹴るということはしていませんが、それでも予定を崩して進学をするということだけで、なかなか一筋縄ではいきませんでした。
ご質問者さんは、ここに質問をしなければならないほど学部内に味方がいないのなら、ちょっと難しいと思います。

リプライありがとうございました。いろいろなケースがありうるので，ぼくには何とも回答できかねたのです。以下もなんら当てにしないで読んでください。

ぼくは大学（学部）入試の推薦入試でしか，かつたった2例しか事例を知りません：合格者が停学処分をくらうような不祥事を起こし，推薦者である高校長が「私の眼は節穴でした。推薦にあたいしない生徒だと判明しましたので，推薦状を撤回させてください」と申し出る。重要書類が１つ消失するわけですから，合格は取り消しになります。ただし，うちの大学では，翌年以降にその高校からの推薦を受理しないことはありません。

大学院入試の場合，推薦者（指導教員）＝機関の長（学長）ではありませんが，同様に考えれば「推薦状の撤回を申し出る，書類不備で不合格」という事務手続きになるのではないかと思います。もちろん，理由はなんであれ，推薦者の面目丸つぶれです。もし事を「大学」対「大学」と大げさにすれば，指導教員はいわば「平社員」ですから，管理職である学部長あたりも頭を下げるかもしれません。

一方，辞退を受けた大学院側では，すでに内部的に合格者が決定していれば，合否判定会議を緊急にやりなおして繰り上げ合格者を決めると思います（推薦入試をするくらいなので学生募集に困っているはず）。合格発表の掲示物も作成ずみなら，入試課職員が残業して作成しなおし，研究科長や入試委員長が深夜に再確認するはめになるかも。もし繰り上げ合格者を出さないなら，秋や来春の募集定員を増やすでしょう。

あなたの指導教員もたぶんこういうことを考え，「えらいことをしてくれた」と思うでしょう。その覚悟をしたうえで，相談に行ってください。

たぶん今の卒論指導教員に推薦状を書いてもらったはずですから，その人に相談するしかありませんね。あなたがいくら頭痛を持とうが，ネットでアドバイスを求めようが，どうにもなりません。

どの程度の推薦入試ですか？
大学院ですからね。

一般に推薦入試の枠が決まっており，あなたの所為で推薦入試が受けられなかった人がいたり，学校を通しての推薦であれば，次年度からあなたの学校からの推薦枠がなくなったりという問題が生じます。

大学院の場合，そのような学校の枠の問題で事務方からすごく非難される可能性はありますが，それ以上に受験先と自分が行きたい先の教授同士のあいだでもめることもあります。
とうぜん，つぎに入りたいと思っている先の教授は了承しているのですよね？
もし了承してなければ，ここに相談する以前にまず受け入れてもらえるのか確認しないと。

１．いいえ。推薦状が出ているはずですから、推薦状を出している学校に説明が必要です。希望していた研究室の教員による推薦の場合はその教員にまず説明が必要です。
いずれにせよ、推薦者の面子を潰すことになりますので、現在在学中の学校と希望していた大学院との関係を悪化させる可能性があります。

２．推薦元と推薦先の両方に十分な説明をした上で辞退を申し出ることになります。在学中の大学に併設された大学院は関係ありません。

「推薦」の意味をもう少し重く受け止めた方がいいですよ。