父が退職した会社からお悔やみを頂きました

退職なさってまでもということは、お父様の在籍中の会社での位置がおのずと想像されますね(^_^)。
私は、参列出来ないご事情がありお香典を送ってくださったと思いたいですし、その事に関してのご遺族のお気持ちを現す意味でも、失礼のないように一筆添えて、会葬御礼をお送りした方がいいと思っております。
大会社の社長さんは秒刻みのタイムスケジュールですし、忌明けも済んでいない取り込み中のときに、わざわざ会社へお尋ねする必要はないと考えています。
４９日忌の忌明け法要後にも、皆さんと同じように香典返しをお送りした方がよろしいと思いますよ。ただ会社ということでしたら、皆さんで召し上がれるお菓子とかお茶・コーヒー等が喜ばれると思いますね。
又お香典返しを、通夜・葬儀時に即返しでお渡ししたのなら、お香典返しと分かる内容の文を添えてお送りなさればよろしいと思います。
私も昨年父を亡くしました。少しお日にちがたち気持ちが落ち着いてくると、いっそう悲しみが増してきます。どうぞお体おいといくださって事後の諸事を行ってください。ご冥福をお祈りいたします。