源泉徴収票の一部を役所に出し忘れてしまいました。

　No.1の回答者です。
　おお、そうでした。２５年分の給与支払報告書も御社が作成したはずだということは、そのバイトの方については年末調整がされているということですね。
　そこを忘れていたので、「年末調整をしていなかったら税金が戻るかも知れない」と思い、確定申告をとお勧めしたのでした（その時ついでに「国民年金保険料の領収書や生命保険の領収書なんぞも持参して」と思ったのですが省略してしまいました）。
　従って、他の方が仰るように住民税の申告でよいようです（税額０の確定申告でも受け付けてはくれるでしょうけれど－と負け惜しみを言ってみるｗ）。

役所は、会社から出される「給与支払報告書」をもとに住民税を計算し課税します。
その提出がなければ、給与所得者の場合所得が把握されません。
でも、給与支払報告書が出されていなければ、「未申告」扱いになり、課税証明書自体発行されません。

＞収入が、0円になってました。見せてもらうと給与所得が、0円になってました。
給与支払報告書が提出されていなかったとした場合、「収入０」「給与所得０」の証明書が発行されたということは、本人が「収入０」の申告をしたということになります。
通常、申告がなければ、証明書は発行されません。
給与支払報告書が未提出の場合、申告がなければ、役所では収入があったのに「未申告」で０なのか、実際に収入がなかったのかわかりませんから…。
なので、？です。

考えられるのは、給与支払報告書が未提出で、親がそのバイトを税金上の扶養にしてしまっている場合です。
そうすると、役所では扶養になっている人は「収入０」として取り扱い、その証明書が発行されてしまいます。
あと、考えられるの役所の入力ミスですね。

＞その際、再提出すれば、収入証明書を改めてあげていただけるのでしょうか？
それは可能ですが、時間がかかります。
役所のミスの可能性も含め役所で確認したほうがいいですし、急ぐなら、そのバイトが「源泉徴収票」を持って役所に行き、「住民税の申告」をして課税証明書の発行申請もすればいいでしょう。

＞なぜでしょう？

お前が、源泉徴収票の一部を役所に出し忘れてしまいました。
って書いてあるやん

ちゃんと税務署に申告しろよ、そして書類を持って市役所に行ってあげなよ

＞その方は、所得が98万円ほど、あったのですが、なぜでしょう？
＞源泉の提出に漏れがあったのでしょうか？…

はい、『給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）』を提出したq-yoさん、もしくは市町村側の事務処理ミスが原因【と思われます】。（どちらのミスかは提示頂いた情報だけでは分かりません。）

＞その際、再提出すれば、収入証明書を改めてあげていただけるのでしょうか？

はい、もちろんです。

なお、市町村の役所が発行するのは、「個人住民税の課税に関する証明書」ということになります。（証明書の名称は市町村によって違いがあります。）

（参考）

『市・県民税課税（非課税・所得・収入）証明書の取得方法について知りたい。｜相模原市』
http://www.city.sagamihara.kanagawa.jp/faq/zeikin/009105.html
>>非課税証明書・所得証明書・収入証明書については、「市・県民税課税証明書」になりますので、当証明書を御請求ください。

＞収入証明書は、急ぎで欲しいらしいのです。

そういうことであれば、以下の方法で証明書を発行してもらうほうが早いかもしれません。

・「あるバイトの方」が、【自分自身で】【市町村に】「個人住民税の申告書」を提出する
　　↓
・その申告内容に基づいて（市町村に）証明書を発行してもらう

（参考）

『課税（所得）証明書が必要な方へ｜大阪市』
http://www.city.osaka.lg.jp/zaisei/page/0000035321.html
>>証明をお取りになる際の注意
>>課税（所得）証明書の発行にあたって、所得についての申告がない方や給与支払報告書（源泉徴収票）の提出のない方などは、個人市民税担当での申告が必要な場合があります。
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『市・府民税（個人住民税）の申告について｜泉佐野市』
http://www.city.izumisano.lg.jp/kakuka/somu/zeimu/menu/sizei/sizei_kojin/1329096024124.html
>>毎年1月1日（賦課期日）現在、泉佐野市内に住所がある人（お住まいの人）は、原則、その年の3月15日…までに、泉佐野市に前年中の所得を申告していただく必要があります。

>>次の項目に該当する人は、原則、市・府民税（個人住民税）の申告をする必要がありません。
>>１）給与収入のみの方で、勤務先から給与支払報告書が泉佐野市へ提出されている人
>>（※提出の確認については勤務先等にご確認ください。）

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【補足事項】

◯（ご存知かとは思いますが）「（地方税である）個人住民税の申告」と「（国税である）所得税の確定申告」は、まったく異なる手続きです。

また、「所得税の確定申告」は「個人住民税の申告」を兼ねていますが、その逆の関係はありません。

（参考）

『確定申告｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2020.htm
『Q8　住民税や事業税の申告はどうなるのですか。｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/02.htm#q08

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◯【仮に】、「あるバイトの方」に「他にも収入がある」場合は、「所得税の確定申告」が必要になること【も】ありますが、これは「納税者本人の義務」なので、q-yoさんが心配することではありません。（不明な点があれば「税務署」が問い合わせ先になります。）

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◯「個人住民税の申告【書】」には、『給与所得の源泉徴収票』の添付が必須ではない市町村も多いです。
しかし、ないと申告が難しいと思いますので、「あるバイトの方」に（紛失していないかどうか）確認してあげてください。（必要があれば再発行します。）

※「個人住民税（のルール）」には、各自治体の条例による違いがあります。
※なお、「所得税の確定申告書」には、『給与所得の源泉徴収票』の添付が必須です。



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（その他、参照したWebページ・参考リンクなど）

『「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/taxanswer/hotei/7411.htm
『給与支払報告書の提出について（会社の経理担当の方へ）｜所沢市』
http://www.city.tokorozawa.saitama.jp/kurashi/tetuduki/zeikin/shiminzei/kojinshiminzei/qhouteisyutsu/index.html

*****
『Q1　所得税の確定申告をする必要がある人は、どのような人ですか。｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/02.htm#q01
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『腹が立つ国税局の税務相談室｜税理士もりりのひとりごと』（2009/07/15）
http://moriri12345.blog13.fc2.com/blog-entry-365.html
『税務署が親切｜こっそりと。』（2007/03/11）
http://blog.livedoor.jp/stock_value/archives/50363449.html
『納税者支援調整官を設置している国税局・税務署のご案内｜国税庁』
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/nozeishashien/index.htm
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『「税理士」というお店にはちゃんとした商品を並べなあかんやろ｜税理士もりりのひとりごと』（2012/ 03/23）
http://moriri12345.blog13.fc2.com/blog-entry-1264.html

※間違いのないよう努めていますが、最終判断は各窓口に確認の上お願い致します。
※なお、ご紹介したサイトの信頼性についてはご自身でご判断ください

　そのバイトの方に源泉徴収票を渡しておられると思いますので、バイトの方がそれを役所に持参し、確定申告をすれば、早いところであれば職員がすぐＰＣに入力し（電算化の遅れているところだと手書きになるかもですが）証明書を発行してくれると思います。
　源泉徴収票をなくしたのであれば御社が再発行した源泉徴収票を当人に渡して上記のことをするのが一番手っ取り早いのではないかと思います。

　余談ですが、会社が役所に出すのは「給与支払報告書」で、源泉徴収票はそのバイトの方に渡すものです。また、所得が０円になった原因は課税用のＰＣシステムにデータが入力されていないなど課税台帳に数字が入っていないからでしょうから、御社が提出しなかった、郵便が役所に届かなかった、届いた給与支払報告書を失ったか見落としたため役所の税務担当者が入力しなかった、などいくつか考えられます。