障害年金を決める日本年金機構の場所は？

更新時診断書、つまりは障害状態確認届の提出ですね。
受けている障害年金が「障害基礎年金＋障害厚生年金」または「障害厚生年金のみ」のときは、提出先は日本年金機構の本部（東京・高井戸）です。審査も日本年金機構の本部です。
一方、「障害基礎年金のみ」のときは、提出先は市区町村役場（国民年金担当課）です。役場を通じて、日本年金機構の事務センター（都道府県単位）に送られ、そちらで審査されます（日本年金機構の本部での審査ではない、ということ）。

これらから考えると、質問者さんの受けている障害年金は、「障害基礎年金（２級）＋障害厚生年金（２級）」になっていると考えられますから、手もとの年金証書（年金決定通知書。初めて支給が決まったときに送付済み。）を確認して下さい。

障害年金に関する質問のときには、ただ単に「障害年金」としてしまうのではなく、必ず、「障害基礎年金」「障害厚生年金」などと「障害年金の種別」を記すことを強くおすすめします。もろもろの取り扱いに違いがあるためです。