法人税と所得税の申告期限がなぜ違うのでしょうか

　公式発表はありませんので、推測ですが、

　会社というのは、東インド会社などのように、リスクの高い、したがって個人の資産では処理できない大きな仕事を、多数人が資金・人材（知識・経験）などを出し合って、やっていこうとして成立したものです。

　したがって、関係者の中には、それぞれのプロがいる（いた）はずなんです。経理の専門家もいる（はずだ）。

　なので、棚卸しなどで多少の時間は必要であっても、決算と納税の間にそれほど長い期間を必要としないハズだ、と徴税者が考えた可能性が高いと思います。

　他方、個人の所得税計算は、その筋のプロでない者が担当すると考えられます。日々の経営に忙しくて帳簿どころではない、という場合も少なくない。

　故に、会社にあっては２か月、個人にあっては３か月の期間を猶予したのではないでしょうか。

　あるいは、意地悪く考えれば、会社の資産はすべて使う（運用する）ことを前提に集められたものです。

　あまりに長期間を置くと、使われてしまって「徴税したい時にはカネはなし」という事態に陥るかもしれません。

　他方、個人の資産は、生活費などもあって、全部使う（運用する）ということはあまり考えられません。

　「税金はいつでもとれるよね」ということで、徴税までの期間が猶予されているのかもしれません。

小さな会社の経営者です。
申告期限の差異の起源は判りませんが、法人では決算書の作成は必須であり、そのために毎月毎に月次を閉めていきます。
従って、年度の決算も単純に月次の会計を集計すればそんな手間ではありません。さらに規模が大きくなるほど、経理、会計の専門部署の要員もいますし、汎用、独自を問わず、会計ソフトを使っているはずです。
一方、個人では多くの方が不慣れであり、税務署などの相談などあるでしょうから、３か月という猶予があるのだと思います。