Suicaとクレジットカードを近づけて所持している

カード同士の接触では磁気不良になりません。
一番可能性の高いのはマグネットです。
バッグ、財布の留め金にマグネットは使われていませんか？
よく使われているネオジウム磁石は非常に強力です。
バッグに入れていた定期入れがマグネットに接触することはありませんか？

ならないと思います。

私の持っているいくつかのカードは、suicaと同じ原理のFelicaと、
磁気のカードが一体になっています。
もし問題があるのであればそのようなカードは作れません。

尤も原因を特定するのも難しいので、確定はできません。

＞Suicaとクレジットカードを近づけて所持していると磁気不良になりますか？

時と場合（各種環境条件の組み合わせ）によって、異常が起きる場合があります。
電子マネー（ＳＵＩＣＡ・ＷＡＯＮなど）は、電磁コイルがカードに入っています。
機器に近づけると、（カードに電気が無くても）電磁で電気信号が流れます。
この電気信号を機器が受信する事で、決済が可能になるのです。

＞原因がわからず困っています。

昔は、磁気テープの時代でした。
電磁波が強いＴＶ近辺や家電製品近くにカードを置く事は、ＮＧでした。
財布の中でも、カード入れに磁力を通さない素材を用いた製品もあったのです。
が、ＩＣが主流になった今では「カード同士を重ねても問題ない」使用になっています。
※未だＩＣチップを埋め込んでいないカードも同様。
時々（特に冬場）で発生するのは「帯電した体から発生する静電気」が原因の場合もあります。
静電気って、３０００V前後ありますからね。
まぁ、カードの磁気不良と言っても「多いのは、店に設置のカード読み取り機の異常」が多いのです。
読み取り装置部分を清掃していないと、可能性は高くなります。
案外、他の店では利用可能！と言う場合も多いのです。
質問者さまも、別の店でお試し下さい。^^;

　
10年以上、財布の中で布1枚を隔て密着に近い状態になってます。
毎日電車を使ってますが全く問題なく通勤できてます。