国民年金の充当処理について

はい。
そのとおりですね。完全に勘違いされていますね。

国民年金法施行規則第八十六条の二を示した、という点はＯＫです。
ところが、特に、同条の第一号の解釈を完全に誤っています。
（https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=335M50000100012#Mp-At_86_2）

まず第一に、「法第二十一条の二の規定による年金たる給付」とありますよね。
遺族基礎年金ばかりではなく、障害基礎年金や老齢基礎年金も当然含まれます。
次に「年金たる給付の受給権者の死亡」とは、当質問で言えば、障害基礎年金の受給権者の死亡のこと。
つまり、その「障害基礎年金の受給権者の死亡」という理由により、別の人（遺族基礎年金の受給権者）が遺族基礎年金を受ける、ということになるわけですが、国民年金法施行規則第八十六条の二で言わんとしていることは、「遺族基礎年金の受給権者に支払われる遺族基礎年金の中から、障害基礎年金の過誤払の分を支払って下さい」ということなんですよね。
けれども、この条じたいで「充当」を定めているので、「わざわざ返してもらわなくても、支払われる遺族基礎年金の中から差っ引きますよ」と。これそのものが「充当」なわけです。

ということで、もうおわかりですよね？
「過誤払充当処理がなされるのは、遺族基礎年金のみの場合で、それ以外の年金たる給付については充当処理はされません。」は大ウソ。
「未支給年金の処理もしくは返還となります。」もウソ。そんなことはどこにも定められていやしませんから。

と言いますか、表現のしかたを勘違いされているんです。
正しくは、「過誤払充当処理は、過誤払された年金たる給付（老齢・障害）の受給権者の死亡を理由とした遺族基礎年金の受給権者から行なうことができる」ですよ(^^;)。

「老齢や障害と言った年金は、受給権者と債務弁済者が異なるため充当処理は行われないと言うことです。」もウソ。
老齢・障害にかかわらず、そもそも、死亡した受給権者と債務弁済者（遺族のことを指します）が違うのは、ごくあたり前のこと。
これを「充当処理は行なわれない」などと言い切ってしまうところが間違いです。

質問者さまは、よく勉強しておられると思います。
よく「勘違い」に気づかれましたね！