純銅の細穴加工でのドリルの欠損・穴曲がりが多発する理由とは？

　加工物はある程度太さがあるようなので、二面取りを施してはだめか伺ってはどうでしょうか？
　もし可能であれば、そこでチャックして穴をあけるといいかと思います。
　もしだめであれば、旋盤の単動チャックを使って芯をはずしてドリルでゆっくりと削ってはどうでしょうか？

銅はどうしようもない、と昔から言われています。
加工油をＭＫ－２１０ＶＰで加工されれば、ドリルの持ちで、おおむね５倍程度は改善すると思われます。特有の黒い変色もありません。ドリルやバイトもたなく、つきっきりになってしまうのが銅加工の一般的な状況ですが、朝から夕方まで持つようになると思われます。

私も経験があります。
製品の穴の中が黒色に変色してはいませんか?
材料の外形精度や曲がりは如何ですか?　
変色は、切削加工中に銅が削油中の硫黄或は塩素と化学反応を起こした硫化物または塩化物の残渣です。此れがあれば化学反応によって工具の刃先が溶解か変質してしまいます。
材料に関しては、スイスタイプの機械に適合した純銅の棒材は無い思います。
材料の外径精度が悪くスイスタイプの自動盤でロータリーブッシュを使用してもビビリや外形カジリが発生し精密加工には向かないと思います。
材料の曲がりは再矯正を掛けて修正し、外径は０．０５０．０８ｍｍ位センタレス研削して真円度と径寸法を改良して使用しました。
穴あけ工具は4mmの方は先端角９０°の半月錐を使用し（絶対にステップ加工しない様に）1mmの方はＴiＣコーティングしたハイスドリル（先端角１１０１１８°）でステップ加工しました。
兎に角、材料の精度を良くする事が肝要ですが、一次メーカでは殆ど対応出来ないと思いますので伸銅品の二次加工メーカに依頼します。