ナショナル・インスツルメンツ製UMI-7764・PCI-7350について

>モーションコントロールにADサーボアンプをつないでサーボ　　モータを制>御しています。このような状況下で1ms単位の測定ができる製品はあるのでしょうか？

モーションコントロールとは別に、DAQボードを追加すれば可能だと思います。

>PCI-7350で周波数を変えて正確なデータを取る方法はあるのでしょうか？
ないと思います。
PCI-7350は、ハードウェアのタイミングでA/D変換するように作られていないため、時間間隔を正確に取ることは難しい（できない）と思います。また、時間間隔の精度についても使っているシステム（CPUスペック等）に依存すると思いますので、どの程度なら・・・ということはやってみないとわからないになると思います。

733x,734x,735xシリーズモーションボードのアナログ入力の読み込み速度
についての技術情報が下記ＵＲＬにありますのでご参照ください。
『3.2 GHz P4 のPCで、Windows XP上のLabVIEWを使って、Read ADC viだけをループさせるプログラムの場合、そのループレートは、~500 Hz 程度となります。』と書かれています。
1ms単位の測定でしたら、モーションボードではなく、DAQボードを使用した方が良いでしょう。
測定の精度、周波数範囲、CH数、絶縁が必要か？外部トリガが必要か？などでボードを選ぶのが良いと思います。