修士課程（生物系）から修士課程（工学系）への進学

某国立大学大学院（工学　電気・情報系）の教員です。
修士修了見込みならば，博士をめざすべきでしょう。いまからならば，２次募集に間に合います。
生物系から工学系へ進路を変えるパターンは今やめずらしくはありません。
分野の違いに戸惑うことはあると思いますが，その経験はきっと将来役に立つはずです。
あなたの専門分野によりますが，バイオインフォマティクス等の分野融合領域は重要です。生物と工学の両方のセンスを十分に生かす分野はおのずと絞られるかもしれませんが，就職については不利というほどのことはありません。がんばってください。

＃1のお答えと同じ事の言い換えに過ぎませんが、生物系から工学系に「乗り換える理由」は自分なりに明確で、さらに現在の指導教官も「そのテーマは生物系では無理だから、工学系に行きなさい」と言って呉れているのでしょうか？？？
そうでないとただのトラブルメーカーで終わって仕舞いますよ。
さらに生物系をちゃんと終了し、修論を書き上げて、さあ今度は工学系で頑張るぞ、なら良いんですが、修論書かずに工学系に受け入れて貰えるとは思えません。
隅から隅までしっかり固めて工学系で生物系の経験をフルに発揮し、新しい領域を拓くんだったら、工学系の博士課程へ行っても良いのではないのでしょうか。
もちろん三年で博士は無理でしょうから、工学系の修士課程の授業を聞きながら四年ぐらい掛けて博士論文書くことになると思います。
それではダメな理由があるんでしょうか？？？

大学教官なので就職に関して適切なアドバイスではないかもしれませんが、専攻を変える理由がはっきりしないと、あなたのキャリアを履歴書で見たときにあなたに変な印象を持つ可能性はありますね。それは大学にのこって研究者としてやっていく場合も同じです。自分の今やっている研究が工学部で引き続き発展できるなどの事情がある場合にはむしろ博士課程として工学部に行くように思いますし、専攻をころころと明確な理由もなく変更するような人材は就職してすぐに転職を考えるのではないか？と人事担当者も思うのではないでしょうか。そのへんの事情が分かればもう少しアドバイスはできるかもしれません。