大学院留年の理由と切り出し方

指導教授の対応予測は困難ですが、研究業績のある人でしたら、正常に応答する筈ですから、心配なく、事情説明をすればいいでしょう。今後の計画をヴィジョンを含め、的確に説明し、予定自体が評価が受けられる水準の内容にまで仕上げておくといいでしょう。修論については、見とうしできるようにしておきましょう。A4用紙１～４枚程度にまとめましょう。1日もあればできるでしょう。論文はとりあえず、当座の知見に基ずいて文章化を試行、分析追加、文章補正、分析・・・、と進めるといいですよ。この繰り返しで論文完成です。論文は書いていると、次々にコンテキストの展望が開け、アィディアも生れます。

　国立大学大学院(文系博士)です。　

　指導教官の性格によりけりでしょう。しかし、貴方が戦々恐々としているところを見ると、怖い先生のようですね。
　
　私の大学院にも性格的に問題だと思われるほど理不尽な先生がいて、そういうのような先生に物申したら、下手をしたら学位は永遠に貰えないか、指導教官変更を通告されるでしょう。
　
　しかし、一般的には大学院はそんなに怖い場所ではなく、自主自立を重んじますので、そんなに戦々恐々としないで、自分のプランで道を進むべきでしょう。つまり、先生には、「まだ、納得の行く研究が出来ていないので、もう一年頑張りたいので、指導よろしくお願いしたい」と。

　提出云々と言われていますが、「中間発表会」はないのでしょうか。ないなら、ろくに指導もしない大学院の教育体制なので、そんなに煩い事は言われないはずですし、言われるべきではないと思います。

一般的には早く教授に反したほうがよいと思いますが、教授にもピンキリありますので、

質問者様の教授が親身になってくれる先生なら、急いだ方がいいですし、

そうでなかったら正直適当でもいいと思います（経験者）。

教授も適当にしか考えていませんから。

ただ、仲は悪くなるのは確実ですよ。

昨年、人文系の大学院（マスター）を修了しました。
お気持ち、察します。
質問者さまもわかってらっしゃると思いますが、やはり一刻も早く教授に伝えたほうがよろしいかと思います。
指導教員も不安でしょうし（作成の途中途中でチェックしないやり方なんですね）、事務手続きの方針も見通したいでしょうから。
早く「修論は来年提出」と宣言して切りをつけて、今から来年度の公務員試験一本に絞って、受験が終わったらすぐ修論を執筆…という流れがよいかと思います。
指導教員には、現状を素直に包み隠さず伝えて、上のような来年の全体スケジュールを提示したほうがいいと思います。たぶん、質問者さまがそういう人生設計があるとわかれば、理解してくれると思います。
今年度の二の舞になりませんように。