大学院の就職問題についてのアドバイスをお願いします

理系の大学院生です。
自由応募の内々定を2社いただき、先に頂いた会社へ教授推薦書(学校推薦書ではない)を要求されたので、提出しました。
1社目が7月に内々定をいただき、その後、教授推薦書を提出という形になり、2社目は8月に内々定を頂きました。
しかし、自身は後に頂いた企業に就職したく、推薦書を出した企業には辞退を申し出ました。
相談したところ、教授からは仕方ないと言われ渋々許可をもらいました。
結果、推薦書を出していない企業に就職することになりました。

しかし、その後教授から、推薦を辞退したので、修士論文は通さない、留年させるという話をされました。(前日に呼び出されていて、少し怖い感じがしたので、この時発言に関する録音を取っていました。)
そちらの企業に就職することは許さない、ともいわれました。
自分にとって修士論文は最後に残った卒業単位であり、これが通らない=留年確定=就職できない
という大変重要なものです。

録音を聞いていただいたところ、相談した弁護士の方や、アカハラセンターの方からも、大学内のハラスメントに関する規約を元に、これはアカハラであると言われました。
しかし、アカハラセンターを通じて研究室変更などを模索するも、他の教授の目があり、私にも不利益があり、断念せざるをえませんでした。
また、申し立てにより調停を考えましたが、発言に対して謝罪してほしいわけではないので、
その後の仕返し(留年させること)を考えると踏み出せません。
発言に関しては、教授から「言い過ぎた」と、謝罪こそされましたが、「責任は取ってもらう」
と留年を示唆する発言をされており、留年させられる不安がぬぐえません。

そこで今、打開策として考えているのは、教授に対して手紙を書くことです。
手紙には謝罪文を主体としつつ、「あの時は弁護士の方やアカハラセンターにも相談するほど辛かったです。それに、謝罪は受けたものの、留年させられる不安は残っています。何卒ご配慮ください。」
のような事を書こうかな、と思っています。
これにより、露骨な取引ではなく、「これ以上、こいつに関わると面倒だな」と「察して」頂く事ができたら、と考えています。
この考え方は、上手くいくのでしょうか。
正直言って、目上の相手に対して、自分と相手だけで解決しようというのは、
稚拙な考えかもしれませんが、どなたかアドバイスをいただけたら、と思います。

また、手紙を渡す案で行くとしたらいつが良いのかについても、非常に迷っています。
おそらく今ですと相手はとても怒っているので、さらに逆撫ですることになりはしないか、また数カ月後に「あの時はしんどかった」と送っても「いまさら何言ってんだ」と言われはしないかが心配で、判断がつきません。

これについてもご意見をいただけたら、と思います。
よろしくお願いいたします。