大学院研究生について

あなた個人への「裏の思惑」などなく、ただただ誠実かつ現実的に、「あなた」と「研究室」の状況を教えてくださっているのでは？と思いますが。

以前から共同研究で行き来があったということは、指導教員同士も知らない仲ではないでしょう。院試に不合格で、もしそこに研究生も断られていたら、あなたは今年度の行き先がなかったのでは？　それは不憫だということと、以前からの関係もあって、研究生として「所属ありの受験浪人・就職浪人」をさせてくれたのかなあと思います。
ただし、研究生というのは決して「補欠合格」のような立場ではありません。院試は、学部受験のように浪人中に頑張って勉強すれば学力（能力）が上がって合格できる、というものでもありません。「今回は受け入れるけど」には、研究生として受け入れられた＝来年の院試合格の可能性が高まった、と思わないでね、という意味合いもあるかもしれません。世の中には「1年間の研究生→院試合格」は既定路線だと勘違いしている人もいますので。

院試に合格しても学位取得は難しい、学位取得後の就職も難しい（学位持ちは企業に敬遠される、研究室が就職にコネがない、等々）、学位を取得して研究者を目指すのも茨の道である（能力的な問題、能力はあっても博士余りで研究者としても就職が難しい）……という、研究者養成タイプの大学院では珍しくない「現実」を教えて下ったのです。あなたの能力とは別の、客観的な事実です。
そこを理解せずに、院でも、学部のときのようにトコロテン式に学位がもらえるだろうとか、ここの院を出れば就職や研究者の道は容易に開けるだろうとか、そういう勘違いをすると、あなたにとって不幸ですよと、あらかじめ警告して下さっているのです。
もちろん、研究生をやっている間に開眼して翌年めでたく院に合格する、という未来も否定はされていないわけですが、要は「合格できても、その先の保証はまったくできないよ」と。
すんなり院に合格する院生でも将来は暗いんだから、一度不合格になっているあなたの場合は、もっと厳しいわけで。それならば、もっと明るい将来が描けそうな他大学院に行った方が良いのでは？と。
「うちには今、研究生出来てるんだし、繋がりは持ち、共同研究するなり、違う方からサポートするから」というのは、企業にしろ研究者にしろ、将来の働き口のサポートはできないけど、研究面でのサポートならできるよ、という意味かと。
あなた（の出身大学の指導教員）とのこれまでの関係もあるし、他大学院に行く＝研究上の関わりを絶つ、という意味ではない、そこまで拒絶はしない、という意味もあるかもしれません。

そうした「現実」を知らずに、後で「こんなはずでは…」「わかっていたら、こんな道は選ばなかった…」と後悔したりすることがないように、他の現実的な選択肢も考えてみなさい、ということでしょう。これまでに多くの研究生・院生が安易に茨の道を選んで後悔する姿を見てきて、「親心」でおっしゃっているのかもしれません。
進路変更は若いうちのほうが容易です。どの道に進むにせよ、年数が経てば立つほど、いまいるライバルに加えて、「後輩」というライバルが増えます。雇う側としては、同じ能力・業績ならば、若いほうが良いに決まっていますから。
あと何年か経ってから「やっぱり研究者はやめて就職します」となっても、そのときには就職も無理になってしまいますよ。だから決断は早い内にね、と。

『よそに行って、共同とか、繋がり持ちとか、単に、励ましのようにも聞こえるのですが、いいようにも、思えないけど、悪いようにも思えないです。』
ちょっと暢気すぎませんか？なぜその教授があなたを研究生として受け入れたか分りますか？そうしなければ、行くところないと思ったからでしょ？出身大学の研究生というのもありだけれど、そこの院を受けずによそを志望して勝手に落ちた人間を普通は受け入れたくないですよね。だから、その教授はあなたを受け入れたのだと思います。でも、来年受かることは期待していない、このままずっと研究生をやられていても困るから、研究室にとてもあなたにとってもいい第3に道をあなたに考えるように言っているだけです。

単純に、ごく普通の一般論を的確に表していると思いますけど。

No.1への加筆。「推定に推定を重ねちゃいかんな」と思って書きませんでしたが，あるいは当たっているかもしれませんので，やはり書いておきます。

いま研究生でいるところは，「将来その学問の発展を背負う人材」を養成する水準がたかい大学院，いわば「士官学校」じゃないのですか？　おおくの分野で博士号取得者が就職できない現状では，そこでも「就職の保証がない」のでしょう。もしかすると，「修士号はだすけど，産児制限で博士課程には進学させない」という対応をしているかもしれません。おおむかしのぼくらは，それを「ドクター・ストップ」と呼んでいました。

もしこのような状況なら，最初から就職一本でいくほうがいい。すなわち「新兵訓練所」レベルの大学院がいいよ，とも聞こえるのです。

＞研究者は、無理？

という疑問にたいしては，「研究者一本目指すのは、よほどでないと無理」という結論がでているのではありませんか？　「院試にすんなり合格した学生でも『出るのが厳しい』のに，まして落ちた人じゃなあ」という見方は，当然にでてくるだろうと思います。