お中元お歳暮がくる、こないで部下への待遇は正直変わりますか？

変わります。

私は、お歳暮・お中元をもって来た人の査定を下げる方向で検討しました。要するにマイナスの下駄を履かせました。
そんなことに気を使うなら、仕事に気を使うべきです。
ご主人は立派です。

会社の規模によります、部下が多いといちいちチェックしてられません。ただ、目を掛けてる部下から無ければ少し残念ではありますね。
御主人の指示に従うべきです。

上司の立場からの回答として、
差別はしません。
査定では、あくまで仕事全般についてを判断材料にします。

後は会社の社風もあります。
出す会社ならそれに習った方が良いです。

その上司に個人的にお世話になっている事があるなら、日頃の感謝の気持ちが表せていいと思います。（その場合はご主人にもう一度聞いてみては？）でも、しなくていいとの事ならそういう事があまりないのでは？と思いました。
それから、ご主人の会社ではそういう慣例がないという事もあると思います。
・・・で、あれば特に気にする事はないと思います。

ちなみにですが。
私の所では、社員間でのそういった慣例的なやりとり等はしないようにとなっております。（もちろん、個人的な気持ちは別ですが・・・）
それから、こっそりは難しいのでは？
というか、こっそりはご主人が上司からお礼の言葉等があっても何の事か分からず困ってしまう事もありそうですよね。

＞＞＞そこで上司にあたる方や会社役員など地位のある方にお尋ねしますが
立場が違うものが答えて申し訳ありませんが、私も長く勤めておりますが、そういった差別はされた事もないですし、回りでもそのような話は一度も聞いたことはありません。

４０年間会社勤めをしましたが、差別をする上司は居ませんでした。
　居ないとは云えませんが、ご主人は会社で上司を見ておりご判断に従うのが良いと思います。