通夜に会社関係者が参列した場合のお礼について

今週の初めに父が亡くなりました。
会社への忌引き申請のために会社へ連絡したところ
弔電を頂けるとの事で通夜会場や喪主などを聞かれ、そのまま伝えました。
しかし通夜当日、弔電ではなく、社長、直属の部長・課長が参列して下さり、
驚きや感謝とともに、どのようにお返しすれば良いのか分からず
悩んでいます。香典も、社員一同と上役の２つを頂いているようです。

そこで、お知恵を頂きたい質問があります。

（１）会社の皆様には香典のお返しとして菓子折り等を用意するつもりですが
この他に上役の方へのお礼も用意した方が良いのでしょうか？
お礼をしたい気持ちはありますが、余計な事であれば控えた方が良いのか、
また、お礼するとしてもどのような物が良いのかも分からないです。

（２）規定の忌引きの終了後も、雑処理が残っているので有給休暇を頂くため
会社関係の方たちへ、直ぐにお礼ができません。
取り急ぎ、社員の皆さんにお礼のメール等を出した方が良いでしょうか？
また、その際の文章が思いつきません。例文等があるサイトがあれば
教えて頂けますでしょうか？

まだ社会人になって５年ほどで知識も無く、経験の無い事ばかり続いているので
経験者、会社総務、葬儀関連などに明るい方などのお知恵を拝借できれば幸いです。
よろしくお願いいたします。