勝手に口座から引き落とされるのを阻止したい

No.1です。

都会の新しいGSならすべてコンピュータ化しているでしょうが、組合のGSなんですよね？
たぶん灯油を入れに来てもらっているのなら、手書き伝票での仮納品書の対応じゃないのですか？（私の田舎もそうです）

先の回答で「他のGSを探す」みたいな事を言いましたが、もしかしたらそれも厳しいかもしれませんね。

まぁこれからも付き合っていく場合でも、請求漏れは相手のミスなのですから、ガツンと怒るべきですね。

今後もあるかも知れませんので、せめて引き落とし請求書と仮納品書の照合はしましょう。

口座引き落としはあくまでも口座名義人（支払う人）の依頼に基づいて銀行が行っています。
（各種料金の引落しの手続きを開始するための書類の何枚目かの銀行印を捺す書類は、「口座引落し依頼書」となっていて、依頼者はあくまでも口座の名義人です。）

したがって、取引銀行に行き「この会社からの引落しを止めて欲しい」旨を伝えれば、それで口座引き落としは止まります。
もちろん、相手側に未精算額があるとなれば、別途請求書なり振込み用紙などが送付されるはずです。

＞どうやら精算時にミスがあって漏れた分があるようなんですが、2ヶ月前のものなので今となってはその請求分が正しいかの確認は難しいのです。

　今時のガソリンスタンドは全てPOS（端末販売管理システム）が設備されています。ガソリンスタンドのPOSは計量器と同等の法律規制があります。たかだか数ヶ月前のデーターが削除されることはありません。

＞それとも口座を解約するしかないのでしょうか?

　口座解約は慎重にしたほうが無難です。GSカードでも代理カード発行がありますので。

状況がよくわかりませんが、「口座引き落としを停止する」と言うとことのみに回答します。

口座振替は口座振替依頼書に基づき行われていますが、この一時停止及び解約が銀行の窓口に行けば可能です。
例えば、みずほ銀行の場合は以下を参照。
http://www.faq.mizuhobank.co.jp/faq/show/123
詳細は、口座のある銀行の支店に問い合わせて下さい。

No.1です。

>精算後にガソリンスタンドから『残高不足で引き落としできなかった』旨の話があって
>精算時にミスがあって漏れた分があるようなんですが、2ヶ月前のもの

んんん？
ちょっとわかりにくいのですが、
上の文章なら
・10,500円分のガソリンを入れたけど、残高が10,000円しか無かったから引き落としが出来なかった
となりますし、下の文章なら
・10,500円分のガソリンを入れたけど、10,000円しか請求せず、後日500円だけ引き落としをかけたけど、その時点では残高が無かった
になりますが、どちらでしょう？

まぁでも上の文章なら質問者様も納得するでしょうし、たぶん下かな？

確かにそのGSの対応はおかしいですね。
書面なり電話なりで謝罪の上、「申し訳無いが払ってください」になるでしょう。
しかも支払い方法は現金が一般的かな？
まぁこれだけは何とも言えませんが。

質問者様のお怒りはすごくわかりますが、不当な請求でも無さそうですし、揉めても体力を使うだけです。
とっとと支払を済ませ、他のGSを探しましょう。