大口預金（一億円）向け特別金利ってあるのですか？

＞1億以上になると金利は個別交渉可能、との話を聞いたことがあるのですが本当ですか？
本当です。
大口預金者については、交渉により利率がアップすることがあるようですね。
それは、１億でなくても可能でしょう。
ただし、万が一銀行が破たんしたときは、ペイオフにより１０００万円までしか保護されません。
なので、格付けが高～いところに預けないと大変なことになりかねません。

＞また2,3億円を低リスク(1%くらい)で運用するにはみなさんならどのように配分しますか？
株価が比較的安定し、絶対（まあ、絶対はないかもしれませんが）つぶれない会社の株を約１億近く保有しており、その配当が年間１５０万円近くあります。

あと、１億ですよね。
もし、もう１億あったとしたら、会社で積立できる貯金は１．５％の金利なのでそこに５０００万円、残りはやっぱりかたく銀行の定期預金（格付け高い銀行、農協、ゆうちょなどに分散）ですかね。

金利は言わば「表示価格」

法的に決められているのは範囲のみですので、
あくまで銀行の都合で提示されているだけのものだから、たとえ1円でも事実上交渉は可能です。
ただ実際にはあまりやる人がいないのと、やっても相手にされないってだけw

預ける場合も借りる場合も銀行は交渉次第です。