住宅ローン　共同名義　贈与にならない一部返済

不動産の持分には関係なく、誰が借りたローンかどうかで変わってきます。

仮に旦那さんが借りたローンですと、幾ら繰上返済しようと贈与になりません。ただし、不動産登記した時点で正しい登記割合になっていないと、その時点での贈与に当たります。具体的には、（旦那さんの頭金＋旦那さんの借入金）：（息子さんの頭金＋息子さんの借入金）の割合から外れた分に贈与税が掛かることになります。

そうではなくて連帯債務のとなる場合は、最初に負担割合を決めることになります。毎月の返済はこの割合でお金を出し合って行わないと、これも贈与に当たります。繰上返済も同じで、この負担割合に応じて行わないと贈与になる可能性があります。

と言うことで誰のローンなのか、連帯債務ならその割合、当初の借入金額や頭金は？等詳しい情報をを補足される方が正しいアドバイスを受けられるかと思いますよ。

＞持ち分は　主人と息子（一人）で2分の1づつになって…

息子は働いているのですか。

なお、「づつ」でなく「ずつ」ね。
匿名のネットだからどうでも良いですけど、実社会で間違えると恥をかきますので、老婆心ながら忠告しておきます。

＞住宅ローンの返済は主人の口座から支払っております…

完全に父から子への贈与です。
それがある年 1年ぽっきりなら大きな問題には事実上ならないでしょうが、毎年毎年繰り返すなら一度にまとめて贈与があったと解釈されます。
10年間か続けると仮定したら、基礎控除は 110万の 10年分で 1,100万あるのではなく、10年続けても 110万円が 1回のみです。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/zoyo/4402_qa.htm#q1

以上は、夫が元気で働き続けた場合の話。
ここからは、夫が退職した現状を踏まえての話。

＞（「生前贈与　控除が110万円なので　返済部分　半分が息子さんの支払い分…

銀行の言い方は間違っています。
もっとも、銀行員は税の専門家ではありません。
八百屋で魚屋の調理法を聞いてもとんちんかんな答えしか返ってこないのと同じで、無理もないことです。

そもそも、もともとが持ち分半々なのに夫が 1人で返済していたこと自体が贈与なのです。
既に贈与が成立しているところへ、さらに贈与を上乗せする形になるのです。

＞主人が　亡き後は息子が一人で支払することになります…

“亡き後は”って、医者から余命 1ヶ月とでも言われたのですか。
そうではないのでしょう。
夫にはまだまだ長生きしてもらいたいのでしょう。

それで、保険金の全額を一部一括返済に充てたとしても、息子に残りのローンを払っていく能力はあるのですか。

＞2か月ほど前に重度障害にて生命保険が口座に振り込まれました…

その保険は、誰が保険料を払い続け、保険証書に記載された受取人は誰でしたか。
夫が払い、夫自身が受取人だったのなら、夫に所得税が発生することはあっても、保険金を受け取ったこと自体に贈与税は関係ありません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1755.htm

＞せめてローンの部分でも経済的に楽になればと思っておりますが…

保険金が正真正銘、夫のものなら、全額をローンの一部一括返済に充てれば良いです。
その上で、

・頭金のうち夫が払った分
・ローンのこれまでに夫が返済した分
・保険金で一括返済する分
の合計額が夫の実負担分
これと

・頭金のうち息子が払った分・・・０ ？
・ローンのこれまでに息子が返済した分・・・０ ？
・息子がこれから返済していく分
の合計額が息子の実負担分

との割合を計算し、その割合どおりの持ち分に登記を変更することです。

もちろん、登記の変更にはそれなりの費用が発生しますが、税法上の贈与の問題は起きませんので、結果としてこちらの方が安く済むでしょう。

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なお、保険証書の「受取人」が妻や子であったなどというなら、上記とは展開が異なってきます。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm