後遺障害認定後一括社の対応について

一括社という表現がわかりません。
一括保険会社対応や、保険会社の一括対応と言う言葉は使われるので（同じ意味です）すけどね。

事前認定として、自賠責保険の調査事務所から出されているのであれば、あなたの側で、自賠責保険の保険会社から、自賠責保険の保険金請求書を取り寄せて、必要書類を添えて請求書を作って、直接相手の自賠責保険会社へ請求されてください。

通常は、自賠責保険の調査事務所でへ認定の申請を行う前に、相手の保険会社が保険会社の顧問医に意見書を書かせて、それをそえて自賠責保険会社へ後遺障害の認定の依頼を出すものなんですけどね。

相手の保険会社が後から下げるための意見書を出すって言うのは、ちょっと不思議なところです。
また、加害者側保険会社は、後遺障害の申請で出された認定通知にかんして、意見書を出して下げさせようとする場合、被害者に出しません。
なので、なぜあなたが自賠責保険の後遺障害の認定があるのかも疑問になります。

ただ、自賠責保険の調査事務所が認定を出しているなら、保険会社と話をする必要なく、あなたの側で一括請求（保険会社から自賠責保険の請求をする場合の手順です）を解除して、被害者請求（被害者が自賠責保険に請求するための手順）に切り替えてもらえば良いだけです。
自賠責保険会社は、これを拒絶する事は出来ませんので、認定されているのであれば、そのまま、自賠責保険の分に関しては支払われます。