給与明細の各控除額がでたらめ

＞例）令和３年９月分（他の月もおそらく同額と思われます：未確認）
＞【健康保険料】
＞16,310円：給与明細記載額
＞19,344円：申告報酬月額（23等級）から算出した月額
＞22,971円：本来の報酬月額（26等級）から算出した月額
＞
＞【厚生年金保険料】
＞24,959円：給与明細記載額
＞29,280円：申告報酬月額（20等級）から算出した月額
＞34,770円：本来の報酬月額（23等級）から算出した月額

うーん、出しなおす源泉徴収票に書くべき値は、確かに、3番目の物になるべきで、追加納税が必要かもしれません。

でも、元質問の

＞さらに雇用保険料は本来の額の倍引かれていました。

これがあるとすると、差し引き本来の額より多く支払っていないでしょうか。

一年を通じて、
(実際に支払った社会保険料・雇用保険料の合計) ＞ (本来の保険料の合計)
であれば、還付を受けられますし、逆なら支払わなければならない、ってことになりそうです。

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(1)当時貰った源泉徴収票の、正規額面・デタラメ税金・デタラメ手取り額(とはいっても実際に受け取った分)。
(2)本来の給与を計算しなおした上、通年の源泉徴収票を作成し、正規額面・正規税金・正規手取り額。
を算出できたとして。(正規額面同士は等しいものとする)

(正規税金 - デタラメ税金(納付済み)) という差額がプラスになるならば、税務署に納付する。マイナスならば還付を受ける。
(正規手取り - デタラメ手取り(支給済み))という差額がプラスになるならば、会社から不足給与分を受け取る。 マイナスなら会社に返す(←あり得ますか?)

という感じに…なるんでしょうかね?
税金部分は他の人の分もやらなきゃいけない気がしますけど…。

＞以前契約をしていた会計士（この会計士もデタラメな人間）が作った
＞簡素なエクセルのひな型を元に名前を付けて保存、の繰り返しで作成していました。

うぐぐ、エクセルはシステムとは呼べません…。
それはもう、本当に手計算レベルですね…これはキツい…。

税制は毎年のようにどこかに改正が入りますから、素人ではとても追っていけません。
ちゃんとしたシステム入れてあれば、毎年アップデートされるので、ユーザーは勤務時間と時給などの基礎データさえ入れれば自動計算してくれるものなんですけど。
その分だと会社自体がきちんと社会保険料・雇用保険料を払えていたのか怪しくなってきます…。

＞ちなみに給与は振込ではなく手渡しでした（意図は不明）。

振込であれば通帳にいくらもらったか記録が残ったんですが…。

でもそれ以前に、本来もらえるはずだった給与の額面金額を計算しなおすのに、勤務時間の集計と給与計算を全部やり直す羽目になりそうです、、
さすがに管財人さんにそこまで投げられそうにないので、自分で根拠となる数字を作って出し、認めてもらう、みたいな方向になりますかね…これは大変だ。
一部はその過去Excelから拾ってこれるかもしれませんが。

どこか安く使えるクラウド給与管理システムを借りて、自分のデータを入れてみるとか…。

＞給与計算ソフト比較23選！機能比較表・テンプレート付き - コストダウンに役立つサービス | BOXIL Magazine
＞https://boxil.jp/mag/a1427/

1.→ 会社財産の分配にかかわりますから、早めに主張しておいた方が良いと思います。

2.→ 会社がどこからごまかしていたかが問題ですが…わかる範囲で証拠を出しておくのは良いと思います。
しかし今時、給与計算には何らかのシステムを使っているものですから、社会保険料などは給与額から自動計算されますので、勝手に支給額だけを下げるのはなかなか難しいと思うんですが…。
それとも全部手計算・手渡し給与だったんでしょうか。

3.→ という訳で、当時から使っている給与計算ソフトにデータが残っていれば、過去の源泉徴収票を出すことはごく簡単な作業です。
問題は全部手作業で帳簿付けていた場合なんかですが。
社員数名だとあり得ますか…?

4.→ 「権利」は「行使」することで、利益を得られます。
「未払い給与を受け取る」というのは立派な権利です。
しかし「権利」には期限のついていることがあり(破産であれば最初の分配が始まる前)、それまでに「行使」しなければ、「破棄」したものとみなされ、無効となります。
ですから、支給額が少ないことに不満があるならば、それぞれが訴え出なければなりません。
「権利」を「破棄」するのもその人の選択ですから、何もしない人の背中まで押してやる義務はありません…。

社歴が長いと、「今までお世話になったんだし、出すもの無いから倒産したんだろ? じゃあ俺はもういいよ」なんて考える人もいるだろうとは思います…。

＞>「額面を少なく、実際は裏金や現金で多くもらっていた」
＞額面を少なく、実際は裏金や現金でももらわず、会社の金庫に
＞隠していた場合はどうなるのでしょうか？

当時、あなたはもらっていないのですから、支払われなかったお金は会社の資産です。
計算し直して、本当に給与の未払い分があれば、不足分を受け取る権利がありますので、『今から』不足分を請求するわけです。
従って、過去の収入・所得税にはほとんど影響しません。

＞あと、こういった事案は全て破産管財人に言っても良いのでしょうか？
＞※破産管財人は会社側の立場なので、会社に不利になるようなことをしないのでは？と不安です

破産管財人は裁判所が選任した者であり、会社にとっても従業員にとっても公平なはずです。
相談材料があるなら言っておいた方が良いでしょう。

そして未払い給与(特に3ヶ月以内)は最優先で支払われるべき物であるので、最大限配慮されるはずです。

※会社側が勝手に立てた破産管財人である場合、会社のことしか考えないかもしれません。どこから選任されたのか確認してみてください。

＞破産管財人とは
＞https://www.shobu-law.com/contents/corporate/bankruptcy/trustee/
＞会社が破産すると，従業員の給料はどうなりますか？
＞https://www.rclo.jp/debt/faq/cat140/658/

ううむ、それはかなりひどい会社であったようですね…。
結論から言うと追徴課税は無いと思います。

「額面を少なく、実際は裏金や現金で多くもらっていた」なんてことであれば、本当にもらっていた正しい収入から所得税を計算しなおし、所得税額はもっと高く計算され、当時納税していた額では不足が生じますから、追加納税が必要になり、追徴課税もされるでしょう。

しかしあなたは当時、その少なくごまかされた分の収入しか、無かったわけです。
まず納め過ぎた税金は、還付されます。
しかし収入が足りなかった分は、会社を訴え、支払われたとして、それは今年度以降の収入となります。

当時の収入が増えたことにはなりませんから、過去の所得税が増えることも、無いでしょう。
(それに医療費控除なら最大10万円または8万円なので…それほど大きな誤差にはなりません。もっと他の部分では…?)