屋外設置の機械装置の天井に水が溜まった場合、塗装へはどのような影響がありますか？

下地処理を含めた塗装の性能に依存するので、塗装の品質に触れずに一般論を出すことは難しいと思います。また、工場地帯で酸性雨が降るような場合、海岸に近くて塩分が付着する場合などは劣化が錆が急速に進行します。水平屋根を変更できないならば、溶融亜鉛めっきを施した上に保護塗装を行うような仕様を採用したら如何でしょうか。溶融亜鉛めっきも無理であれば、塗装のメンテナンス計画を、製品と合わせて提案するなどが考えられます。

ご指定の条件に当てはまらないで申し訳ございませんが、屋外に設置される設備の屋根に相当する部分は、水が溜まることのないように勾配を設けることがよさそうです。

JIS C 4620（キュービクル式高圧受電設備）から該当する部分を抜粋すれば、次の通りです。

7.2　外箱など
外箱などは，次による。
a) 外箱は，本体（ベースを含む。），屋根，扉，囲い板及び底板で構成し，材料は次による。ただし，換気口については，JIS G 3555又はJIS G 3556に規定する金網，エキスパンドメタルとしてもよい。
　1) 本体，屋根，扉及び囲い板は，JIS G 3131又はJIS G 3141に規定する鋼板を用い，鋼板の厚さは，屋内用は標準厚さ1.6 mm以上，屋外用は標準厚さ2.3 mm以上又はこれらと同等以上の機械的強度をもつものとする。
　2) 底板は，ー省略ー
　3) ガラス窓を設ける場合は，ー省略ー
b) 外箱は，さび止め処理を行い，耐久性に優れた塗料で塗装する。ただし，溶融亜鉛めっきを施した場合は，この限りではない。
c) 屋外用の屋根の傾斜は，1/30以上とする。

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https://www.jisc.go.jp/app/jis/general/GnrJISSearch.html