エアー圧力と流量の安定化方法

気体ではやりませんが
アキュームレータを付けてみたらどうでしょう
http://www.hyd-acc.co.jp/n2.html

レギュレーターの設定圧が0.4MPaとして、元圧が0.4-0.6MPaということですよね。
元圧とはレギュレーターの直前の圧ですか？

だとすると、工場エアーに変動がありますとおっしゃっているように、0.4MPAの設定に対して、0.39MPA以下の圧で供給させるときがあり、そのときにスピードが変わってしますということではないでしょうか。
レギュレーターは元圧以上の圧にすることはできませんので、供給されてくるエアーの考えられる最低値以下に設定にしてください。

もしくはレギュレーターの故障は考えられないでしょうか。
一度新品と交換してみるとか。

回答(5)さんに賛成です。で、追加で。
送り速度の調整に、スピコン以外は私も記憶にないのですが、
スピコンの向きの件はご存知でしょうか?
シリンダーからの排気量を絞るようにする方が、安定して動きますよ。

供給側の空気量を絞ると、圧力で変わりますので。

他の回答者さんも記述していますが、レギュレター（減圧弁）には
その様な機能はありません。

? 圧力の緩衝用として、大きなタンク（buffer tank）を用意して、
　 そのバッファータンクはタンク圧より、元圧力が下がると閉になり
　 元圧力が上がると開になり、元圧が0.4MPa以下になっても、でき
　 るだけ0.4MPa以上を維持する機能のタンクを作る。
　 タンクの容量は、使用状況やそのデータを取り、決定する必要が
　 ありますが、上手くタンク容量を選定できれば、バッファータンク
　 は0.4MPa以下にならないシステムができます。
　 その後ろに、レギュレター0.4MPaをセットして、圧力を維持する。
? 増圧弁を使用して、元圧を2倍の1.0MPaとして、バッファータンク
　 にスットクする。元圧が0.3MPaにダウンしても0.6MPa、元圧が0.2MPa
　 以下にならないと0.4MPaになりません。バッファータンクの後ろに、
　 レギュレター0.4MPaをセットして、圧力を維持する。
　 元圧が0.2MPa以下になる条件では使用できませんが、その他の機器
　 も使用できない条件となるので、必ず成り立つと思います。
　 詳細は、SMCさん等に使用方法と機器を確認下さい。
? 送り速度を一定に保つには、流体を空気から液体（油）に変えれば
　 スピコンの流量特性も上がりますし、耐負荷変動にも強いので、
　 エアハイドロシステムも一度検討してみて下さい

重要な速度制御のシリンダ数が少なく比較的低速な定速送り等でしたらエアハイドロユニットとか如何でしょうか？
でも設置条件が面倒でシリンダの数量が増えるとその分ユニットを設置しなければならないので状況により費用投資分のメリットが有るかは疑問ですが…